【感生3D动态电流曲线 GIMIC 研究芳香性教程-哔哩哔哩】 https://b23.tv/14AsQrh

还有一个问题，由于目前最新版的openbabel是3.1.1版本，如果直接使用 dnf/yum/apt-get install openbabel 是下载的最新版。调用 openbabel 的命令就不是 babel 了，而是 obabel，并且命令的格式也和老版的有所不同。因此需要将给出的 xyz2cml.sh 脚本文件更改。具体操作是将文件中第一行命令修改为 obabel -ixyz mol.xyz -ocml -Omol.cml ，方可在新版的 openbabel 环境下正常运行脚本。

sobereva 发表于 2023-5-21 05:06
可以

卢老师，我发现大多数问题是由于现在默认安装的conda是anaconda3，直接使用您博客的命令安装环境，anaconda3自动安装的是python 3.11.3，如果不改python版本，直接按照您博客的命令输入./setup --omp，就会出现找不到python目录的情况。所以应该在 conda install cython numpy pyparsing 后，再输入 conda install python=2.7。这样进行 ./setup --omp 就不会出现上述情况了，前提是得用您博客里的gimic，如果是新版的安装我也一直出现和社区里的帖子同样的报错，目前还不知道解决办法。

kimariyb 发表于 2023-5-21 00:52
卢老师，Rocky Linux同样可以安装您博客的命令操作嘛，试过Debian系的，通过您博客的内容和官网的内容，装 ...

可以

卢老师，Rocky Linux同样可以安装您博客的命令操作嘛，试过Debian系的，通过您博客的内容和官网的内容，装了一天都没成功，一直给我报错。还是直接换红帽系的方便点。

superficial 发表于 2023-1-30 20:55
老师，请问xyz2cml.sh在哪里下载

本文文件包里的

老师，请问xyz2cml.sh在哪里下载

zhouquan 发表于 2019-8-27 23:22
社长，请问为什么用paraview程序进行5.6和5.7做图中的representation的选择选项并没有您视频中的选项？

没有的选项可以在Tools-Manage Plugins里展开里面添加

wen523 发表于 2020-2-7 04:29
老师，请问新版本gimic有办法做磁感电流difference map吗？比如考察两个相同分子在不同状态下的磁感电流区 ...

Multiwfn可以载入vti文件，在主功能13里可以导出成cub文件。
利用Multiwfn的格点运算功能（看手册4.13.2节里的例子）就可以非常容易地求差，然后再导出成cube文件。

老师，请问新版本gimic有办法做磁感电流difference map吗？比如考察两个相同分子在不同状态下的磁感电流区别，以前旧版gimic可以用生成的jvec.txt文件来计算，可是新版本没有txt文件了请问有办法生成吗？

fangff 发表于 2019-11-2 13:45
老师，我在超算上尝试，一开始安装epel和cmake，conda，这些都是没有权限安装的。是不是就没有办法进行操 ...

是

sobereva 发表于 2019-8-16 07:04
原理上可以

老师，我在超算上尝试，一开始安装epel和cmake，conda，这些都是没有权限安装的。是不是就没有办法进行操作呀

zhouquan 发表于 2019-8-28 11:07
社长你好，版本是一样的，视频5.6中的representation的Surface LIC这个选项却没有，我看视频中您是直接打 ...

细节我忘了。
所有细节都体现在文章和视频里了

sobereva 发表于 2019-8-28 00:03
确认用的版本和我相同，而且已经按照第四节设置了

社长你好，版本是一样的，视频5.6中的representation的Surface LIC这个选项却没有，我看视频中您是直接打开file中的mcl-bohr.cml和jevc.vti就有该选项，与第四节中的ACID的设置有什么联系？

indec 发表于 2019-8-28 03:28
社长，请问 5.5 节处，球形起点的设置代表了什么物理意义？是指通过这个球形范围内的所有感生电流流线吗？

绘制梯度线图肯定得有个起点，就像水流得有个源头一样
梯度线的起点分布在圆球范围内