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求助：em/md过程提示带电粒子位移/速度过大

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光芒灬如雪

发布时间: 2019-7-6 15:00

正文摘要:

本帖最后由光芒灬如雪于 2019-7-6 16:27 编辑最近在做一个含有苯胺阳离子的动力学模拟，在能量最小化阶段经常出现带电基团位移过大的报错（附件error 1）。通过改变建模（利用packmol改变苯胺阳离子、氯离子 ...

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光芒灬如雪 发表于 Post on 2019-7-8 16:01:30

sobereva 发表于 2019-7-6 17:54
如果没有特殊原因，静电作用应当用PME

控温的时候不要把ANI、CL单独控温，因为它们都与SOL耦合很强，因 ...

谢谢sob老师，问题已经解决了。
跑水+离子依然报错，意识到可能是力场出了问题。然后就突然想起来acpype做出来的是GAFF力场，和gromos力场不兼容...
我去ATb找了一个苯胺阳离子在54A7力场下的itp文件，模拟就一切正常了。
您提到的静电作用设定等问题也在mdp文件中做了修改，再次感谢！

sobereva 发表于 Post on 2019-7-6 17:54:23

如果没有特殊原因，静电作用应当用PME

控温的时候不要把ANI、CL单独控温，因为它们都与SOL耦合很强，因此应当作为一个组

冻结和控压一起用的时候容易出问题，建议尝试NVT，或者对石墨烯改成位置限制

如果还解决不了，步长改成1fs再试，如果还不行，先把石墨烯去掉，先跑水+离子，确认没问题

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