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GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路

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发布时间: 2019-8-15 19:21

正文摘要:

本帖最后由 ggdh 于 2019-9-12 17:08 编辑 GROMACS的并行相比Gaussian等量化软件要复杂的多。GMX手册上有一章Getting good performance from mdrun,介绍了很多基本概念和例子。不过看完后还是一头雾水,不知道怎 ...

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xptracy 发表于 Post on 2024-8-20 09:01:04
我的是7905x 4090  2023.1gpu版  在linux下 跑不满 只有30%    9万原子100ns要跑两天多, 老师用什么命令好
user0203 发表于 Post on 2024-7-30 09:35:42
提交作业未装sbatch系统,一般用gpu跑结果。但是官网只提供了单节点的作业提交方式“gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu”,请问对于多节点集群,如何指定gpu节点提交任务呢?在现有指令上需要添加什么参数?
JohnCase 发表于 Post on 2023-11-24 21:17:14
你好, 这个测试脚本适用于2023.3版的gromacs适合不?刚好最近想测测最佳并行设置
mrtang 发表于 Post on 2023-8-31 09:37:22
太有用了,感谢
ggdh 发表于 Post on 2023-6-2 08:01:40
jqx_gromacs 发表于 2023-5-30 12:40
您好,本人小白,我直接运行了楼主的命令
bash gmxbench.sh -r 1 -g 0 -G "2 3" -a "-pin on"  -s 20000 ...

XXX.tpr 是指你需要测试的体系的某个系统的tpr文件。
这个文件需要你自己创建,XXX也应该替换成你体系的名称
jqx_gromacs 发表于 Post on 2023-5-30 12:40:54
q11pet28abl21 发表于 2023-5-23 14:21
楼主你好,感谢分享,请问我的输出结果是这样的,测试结果对比之前我使用 gmx mdrun -deffnm md -nb gpu -u ...

您好,本人小白,我直接运行了楼主的命令
bash gmxbench.sh -r 1 -g 0 -G "2 3" -a "-pin on"  -s 20000 -S 10000 XXX.tpr
报以下错误:
cp: cannot stat 'XXX.tpr': No such file or directory
gmxbench.sh: line 157: bc: command not found
0 test file generate completed
/home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*
gmxbench.sh: line 200: cd: /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
sh: 0: Can't open run.sh
#GPU #MPI #OMP  GPUTASK   ns/day WaitGPU_PME  PME_MESH WaitGPU_NB     Force Constraints
gmxbench.sh: line 211: cd: /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
gmxbench.sh: line 256: printf: *: invalid number
   0    0    1        0    0.000       NaN       NaN       NaN  
我猜测可能和缺少运行文件有关系,请问我还应添加什么运行文件呢?
q11pet28abl21 发表于 Post on 2023-5-23 14:21:41
楼主你好,感谢分享,请问我的输出结果是这样的,测试结果对比之前我使用 gmx mdrun -deffnm md -nb gpu -update gpu的速度要快5%,一天能多跑15ns,想请问改如何根据测试结果取对应修改mdrun指令?

202305231419458506..png (82.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

202305231419458506..png
yszhang 发表于 Post on 2023-4-26 22:15:16
老师们遇到过1 ranks报错的情况没,gromacs2022.5,从2020 -ntmpi 1 -ntomp 8妥妥运行
wasngsimin 发表于 Post on 2023-2-23 09:34:46
wasngsimin 发表于 2023-2-23 08:22
请问怎么解决的啊?我也遇到了同样的问题。我是双显卡,任务之间总是相互影响。

解决了:http://bbs.keinsci.com/thread-25510-1-1.html
wasngsimin 发表于 Post on 2023-2-23 08:22:48

请问怎么解决的啊?我也遇到了同样的问题。我是双显卡,任务之间总是相互影响。
Timeless 发表于 Post on 2022-8-31 15:21:05
Timeless 发表于 2022-8-31 14:18
请问大家有没有遇到,单个服务器上同时运行多个gmx任务时,出现任务之间抢占cpu的现象,最后每个任务使用的 ...

问题已解决。
Timeless 发表于 Post on 2022-8-31 14:18:00
本帖最后由 Timeless 于 2022-8-31 14:21 编辑

请问大家有没有遇到,单个服务器上同时运行多个gmx任务时,出现任务之间抢占cpu的现象,最后每个任务使用的cpu数量会降为原来的一半,最后每个任务的速度都会下降(服务器cpu未使用完),需要添加什么参数让每个任务以cpu独占的方式运行吗?运行命令如下:
gmx mdrun -deffnm md_0_10 -gpu_id 1 -v -nb gpu -pin on -bonded gpu -ntmpi 1 -nt 4 -pme gpu
851086861 发表于 Post on 2022-8-21 10:46:58
你好,请问我用-nb gpu无法调用GPU该怎么解决,提示Nonbonded interactions on the GPU were required, but not supported for these
simulation settings. Change your settings, or do not require using GPUs.
panyongcai 发表于 Post on 2022-4-18 09:51:04
牧生 发表于 2022-4-15 09:39
重新在cmake那一步进行就可以了,也不过就几分钟罢了

谢谢。
牧生 发表于 Post on 2022-4-15 09:39:03
panyongcai 发表于 2022-4-15 09:30
请问老师,昨天按照知乎上的教程安装了GMX2020的版本,当时没有添加 =GPU,可以安装后添加吗 ?还是需要重 ...

重新在cmake那一步进行就可以了,也不过就几分钟罢了

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