我的是7905x 4090 2023.1gpu版 在linux下 跑不满 只有30% 9万原子100ns要跑两天多, 老师用什么命令好 |
提交作业未装sbatch系统,一般用gpu跑结果。但是官网只提供了单节点的作业提交方式“gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu”,请问对于多节点集群,如何指定gpu节点提交任务呢?在现有指令上需要添加什么参数? |
你好, 这个测试脚本适用于2023.3版的gromacs适合不?刚好最近想测测最佳并行设置 |
太有用了,感谢 |
jqx_gromacs 发表于 2023-5-30 12:40 XXX.tpr 是指你需要测试的体系的某个系统的tpr文件。 这个文件需要你自己创建,XXX也应该替换成你体系的名称 |
q11pet28abl21 发表于 2023-5-23 14:21 您好,本人小白,我直接运行了楼主的命令 bash gmxbench.sh -r 1 -g 0 -G "2 3" -a "-pin on" -s 20000 -S 10000 XXX.tpr 报以下错误: cp: cannot stat 'XXX.tpr': No such file or directory gmxbench.sh: line 157: bc: command not found 0 test file generate completed /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run* gmxbench.sh: line 200: cd: /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory sh: 0: Can't open run.sh #GPU #MPI #OMP GPUTASK ns/day WaitGPU_PME PME_MESH WaitGPU_NB Force Constraints gmxbench.sh: line 211: cd: /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory grep: md.log: No such file or directory gmxbench.sh: line 256: printf: *: invalid number 0 0 1 0 0.000 NaN NaN NaN 我猜测可能和缺少运行文件有关系,请问我还应添加什么运行文件呢? |
楼主你好,感谢分享,请问我的输出结果是这样的,测试结果对比之前我使用 gmx mdrun -deffnm md -nb gpu -update gpu的速度要快5%,一天能多跑15ns,想请问改如何根据测试结果取对应修改mdrun指令? |
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老师们遇到过1 ranks报错的情况没,gromacs2022.5,从2020 -ntmpi 1 -ntomp 8妥妥运行 |
wasngsimin 发表于 2023-2-23 08:22 解决了:http://bbs.keinsci.com/thread-25510-1-1.html |
Timeless 发表于 2022-8-31 15:21 请问怎么解决的啊?我也遇到了同样的问题。我是双显卡,任务之间总是相互影响。 |
Timeless 发表于 2022-8-31 14:18 问题已解决。 |
本帖最后由 Timeless 于 2022-8-31 14:21 编辑 请问大家有没有遇到,单个服务器上同时运行多个gmx任务时,出现任务之间抢占cpu的现象,最后每个任务使用的cpu数量会降为原来的一半,最后每个任务的速度都会下降(服务器cpu未使用完),需要添加什么参数让每个任务以cpu独占的方式运行吗?运行命令如下: gmx mdrun -deffnm md_0_10 -gpu_id 1 -v -nb gpu -pin on -bonded gpu -ntmpi 1 -nt 4 -pme gpu |
你好,请问我用-nb gpu无法调用GPU该怎么解决,提示Nonbonded interactions on the GPU were required, but not supported for these simulation settings. Change your settings, or do not require using GPUs. |
牧生 发表于 2022-4-15 09:39 谢谢。 |
panyongcai 发表于 2022-4-15 09:30 重新在cmake那一步进行就可以了,也不过就几分钟罢了 |
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