student0618 发表于 2024-6-27 12:17 我仔细看了一下，确实是md.mdp 感谢你的回复 |
dxf 发表于 2024-6-26 23:17 那教程用的是加了energygrps 的md.mdp |
student0618 发表于 2024-6-23 11:04 链接中的例子 命令：gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ie.tpr 请问这个ie.mdp是最后跑md.mdp还是npt.mdp 呀 |
|
本帖最后由 student0618 于 2024-6-23 13:21 编辑 可參考教程 http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/09_analysis.html
以上指令rerun的軌跡是md_0_10.xtc tpr文件是ie.tpr 輸出文件會是ie.xxx |
Alpaca 发表于 2022-11-17 10:30 你好，请问你知道怎么rerun了吗，命令应该怎么写呀 |
tomato0301 发表于 2021-5-6 23:04 请问怎么rerun，是在gmx mdrun后面吗？但是他老提示我“使用mdrun-rerun时，输入轨迹文件md_0_1.xtc的名称不能与输出文件的名称相同”这个就需要改一下文件名吗 |
tomato0301 发表于 2021-5-6 23:04 去除能量组就把.mdp文件里这一行删除“energygrps = Protein XX ; Which energy group(s) to write to disk” |
DS00HY 发表于 2021-1-8 11:11 您好，想问一下您最后是怎么删除能量组的牙 |
aken5555 发表于 2020-1-27 15:49 你好，请问你最后是怎么把能量组去掉的呀？ |
sobereva 发表于 2020-1-18 16:50 明白了，谢谢社长，新年快乐！  |
aken5555 发表于 2020-1-17 13:48 跑轨迹时候照常用GPU跑，不设能量组 之后rerun时候再用CPU跑，并且设能量组 |
|
楼主您好，我刚学GMX，请教一下：我的电脑是2核E5-2670+1块1080Ti，在跑GROMACS教程的例子“漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究" 时，提示错误“Multiple energy groups is not implemented for GPUs, falling back to the CPU. For better performance, run on the GPU without energy groups and then do gmx mdrun -rerun option on the trajectory with an energy group .tpr file.” 我把mdp中的“energygrps = Protein Non-Protein”删掉也不管用，请问你是怎么屏蔽的能量组啊？谢谢！ |
sobereva 发表于 2019-7-15 01:00 感谢老师！ |
mjluan 发表于 2019-7-14 12:06 1 NH热浴一般用tau-t=0.5就行了。如果你没有设一些额外东西，应该不会有那种提示 2 你要想考察蛋白质与配体的相互作用，肯定得定义两个energy group。不rerun的话你只能MD的过程用纯CPU来跑 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-25 09:45 , Processed in 0.227634 second(s), 31 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites