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求助,截断模型酶催化反应优化过渡态出现震荡

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lph
发布时间: 2019-7-15 11:31

正文摘要:

     大家好,我最近在找一个反应的过渡态,各种尝试中结构都出现了震荡。虽然看了sobereva老师相关的帖子帮助很大(http://sobereva.com/164),但是还是没有成功,又考虑到是第一次找过渡态, ...

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lph 发表于 Post on 2019-10-13 14:28:07
SigFig 发表于 2019-7-17 07:36
从已有情报知:
第二个计算把maxstep丢了,所以会疯狂震荡(Gaussian默认的maxstep为30)。基于第一个计算 ...

万分感谢。你的建议我全都测试了一遍,很有用
SigFig 发表于 Post on 2019-7-17 07:36:40
从已有情报知:
第二个计算把maxstep丢了,所以会疯狂震荡(Gaussian默认的maxstep为30)。基于第一个计算,可采用1-3的maxstep。
ts不要和moderedundant联用,因为联用的意思是你在某种限制下找一个TS,加上你的限制条件极有可能得到一个高阶的saddle point。
而且moderedundant只能给你一些中间结构,最后你还得把所有限制解除再优化一遍。
这个体系能calcall? 土豪你还缺朋友么?

一点个人的建议:
如果可能的话,把两端的结构优化出来,转QST3。
如果QST3还不行,做Ni-S 和S-C键长的扫描(即做一个用modredundant优化至最低点后能量相对于两个键长的势能面,计算量会非常大)。

关于整个体系的疑问
1。这真的是个一步反应么
2。如果是一步反应,第二个SH的位置不应该和脱落的CH3自由基的三个氢共面,更像是S(1)-C-H共线
3。如果不是,大可以把第二个SH拿掉,先把第一步的TS做出来,再考虑第二步的TS。
4。S(CH3)2里哪个甲基更容易脱落,是当前计算中要脱落的那个还是另一个。

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