已获得了丙酮分子在水和十六烷中的密度，如何计算自由能？

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发布时间: 2019-7-16 08:32

本帖最后由万年流星于 2019-7-16 09:54 编辑使用如下命令计算了丙酮（Bead）在水（W）和十六烷（HD）中的密度 gmx density -f md.xtc -s md.tpr -center -symm -ng 3 得到了density.xvg，想知道接下来该怎么 ...

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fhh2626 发表于 Post on 2019-7-16 12:30:38

提问时要对你的体系和问题做出清晰的描述

假设你是做了一个包含水-十六烷两相，溶质是丙酮的平衡模拟，你可以从你现在的数据中得到延反应坐标d的自由能曲线
ΔG = -RT ln(p(d2)/p(d1))，p是概率，可以直接换算成你的密度

两相分配自由能可以认为是d=0和d=±4两点自由能的差值

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