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从文献中总结的三种PMF计算方法

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tjuptz

发布时间: 2019-7-19 10:30

正文摘要:

本帖最后由 tjuptz 于 2019-7-19 14:22 编辑我转载的《杂谈自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM》帖子中对MD计算自由能从原理和具体实现上进行了讨论，但当时我没有看具体实例的文献，读完帖子也是模棱两可。最近读 ...

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hanlan8702 发表于 Post on 2025-3-4 16:58:01

fhh2626 发表于 2019-7-19 12:53
不是很全面
PMF计算有几大类方法：
US类：US，REX-US，自适应US等

能否推荐几本书籍和综述，可以直观的补充一下您提到的这些内容的基础。谢谢。

maoxinxina 发表于 Post on 2025-3-4 16:52:38

Daniel_Arndt 发表于 2019-7-19 11:27
我见过有人用CP2K算化学反应时用第二种方法做thermodynamic integration的。主要是因为这样做不需要重新编 ...

怎么用cp2k来实现伞形采样。

青青青 发表于 Post on 2019-8-20 10:03:02

tjuptz 发表于 2019-8-20 09:14
Energy & Fuels 2009, 23, 1220–1229
J. Phys. Chem. B 2013, 117, 5765−5776

谢谢！

tjuptz 发表于 Post on 2019-8-20 09:14:42

青青青发表于 2019-8-19 16:49
楼主，可以请问下关于三种计算方法的文献名字吗？感谢！

Energy & Fuels 2009, 23, 1220–1229
J. Phys. Chem. B 2013, 117, 5765−5776

青青青 发表于 Post on 2019-8-19 16:49:41

楼主，可以请问下关于三种计算方法的文献名字吗？感谢！

k64_cc 发表于 Post on 2019-7-19 13:44:48

补充一句，用g(r)计算其实就是在brute-force md下面采样，拿到概率分布，然后直接加log转化成自由能，非常直观，不算近似。

fhh2626 发表于 Post on 2019-7-19 12:53:05

不是很全面
PMF计算有几大类方法：
US类：US，REX-US，自适应US等
MtD类：MtD，WT-MtD，BE-MtD等，
ABF类：ABF，eABF，meta-eABF等，
SMD类：SMD+Jarzynski equality
TAMD类：TAMD+eABF estimator
constrain MD类：constrain MD

还有用广义系综方法（REMD，AMD，ITS等+Reweighting）也可以得到PMF

比较推荐用MtD或者ABF类下面的方法，如果不好选择反应坐标的话就用广义系综类的方法

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Daniel_Arndt 发表于 Post on 2019-7-19 11:27:47

我见过有人用CP2K算化学反应时用第二种方法做thermodynamic integration的。主要是因为这样做不需要重新编译CP2K，因而很方便。如果在CP2K中做umbrella sampling的话，需要plumed。

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