计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

将分子坐标转换成Gaussian的输入文件

查看数: 12149 | 评论数: 11 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2019-7-22 14:46

正文摘要:

各位老师好,我一开始自己优化结构计算其能量发现与文章给出的能量不太符合,在文章的Supporting中给出了该结构的分子坐标,我现在想把它转化成输入文件。结果把原子坐标输入进去以后,用高斯打开时总是出现图片上显 ...

回复 Reply

wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-29 15:49:38
z1065480896 发表于 2022-6-29 07:28
那这种情况只能自己一个个手动改了?

可以写脚本,比如linux下可以用sed自动加空行。没有空格比较麻烦,如果已知每个原子的坐标的整数部分都只有一位(或者都是两位)的话,那也可以用脚本自动加空格,否则或多或少还是要手动加空格。再有一种办法就是从根上解决,用OCR识别pdf里的数字,而不是直接复制粘贴
z1065480896 发表于 Post on 2022-6-29 14:30:26
z1065480896 发表于 2022-6-29 14:28
那这种情况只能自己一个个手动改了?

好的,明白了谢谢啦
z1065480896 发表于 Post on 2022-6-29 14:28:50
zjxitcc 发表于 2022-6-29 14:04
那可能是你空行数目不对。如果你复制的数据是乱的(例如没有空格),那么即使用Multiwfn也没法帮你。

那这种情况只能自己一个个手动改了?
zjxitcc 发表于 Post on 2022-6-29 14:04:32
z1065480896 发表于 2022-6-29 13:53
感谢,耐心解答。之前试过这样操作,复制过来的坐标没有空格, 坐标数据都堆在一起。试着把每个坐标空格间 ...

那可能是你空行数目不对。如果你复制的数据是乱的(例如没有空格),那么即使用Multiwfn也没法帮你。
z1065480896 发表于 Post on 2022-6-29 13:53:32
zjxitcc 发表于 2022-6-29 12:40
xy变成gjf不需要导出、转换之类的操作,直接点鼠标、按键盘把扩展名.xyz改成.gjf,然后在gjf文件里 开头 ...

感谢,耐心解答。之前试过这样操作,复制过来的坐标没有空格, 坐标数据都堆在一起。试着把每个坐标空格间隔开后,用gv打开还是空的背景,左下角页面显示0 atoms,0 electrons.。不知道是不是格式的问题。
zjxitcc 发表于 Post on 2022-6-29 12:40:51
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-29 12:47 编辑
z1065480896 发表于 2022-6-29 12:04
你好,我试了一下,直接将SI文件里的坐标复制到txt文本形式,用multiwfn导出后是空的(只有表头,没有坐 ...

xy变成gjf不需要导出、转换之类的操作,直接点鼠标、按键盘把扩展名.xyz改成.gjf,然后在gjf文件里 开头写上你要的关键词即可。

文献SI坐标复制出来后,直接粘贴进gjf文件即可,不需要经过什么txt, xyz各种文件。
如果你想问怎么新建gjf文件:鼠标右键,新建文本文件/记事本文件,把扩展名txt改成gjf。
如果你想问你的Windows系统怎么看不到扩展名:点击文件对话框上方的“查看”,在里面勾选“文件扩展名”。
z1065480896 发表于 Post on 2022-6-29 12:04:45
409407227 发表于 2019-7-22 21:59
用multiwfn可以把xyz文件转换成gjf格式的

你好,我试了一下,直接将SI文件里的坐标复制到txt文本形式,用multiwfn导出后是空的(只有表头,没有坐标),请问你遇到类似情况吗
qian04551 发表于 Post on 2019-7-23 10:31:31
409407227 发表于 2019-7-22 21:59
用multiwfn可以把xyz文件转换成gjf格式的

哇,好的,谢谢回复,又学习到了
409407227 发表于 Post on 2019-7-22 21:59:55
用multiwfn可以把xyz文件转换成gjf格式的
qian04551 发表于 Post on 2019-7-22 16:05:53
h840473807 发表于 2019-7-22 15:16
这里面的“-”号貌似不是标准的字符,替换一下就可以打开了

是嘛,谢谢回复,我尝试一下
h840473807 发表于 Post on 2019-7-22 15:16:56
这里面的“-”号貌似不是标准的字符,替换一下就可以打开了

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1 正解

查看全部评分 View all ratings

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 09:40 , Processed in 0.200544 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list