sobereva 发表于 2019-7-29 07:41
就是A的数目乘上B的数目

谢谢老师的解答

晓滨MD 发表于 2019-7-28 11:23
不是很明白A-B之间的对数，还请老师再给指点一下，谢谢老师

就是A的数目乘上B的数目

sobereva 发表于 2019-7-28 04:16
肯定不能随机，每个分子运动轨迹都不同，自然相互作用也不同。
原文具体怎么弄的我不确定，没准是对所有 ...

不是很明白A-B之间的对数，还请老师再给指点一下，谢谢老师

晓滨MD 发表于 2019-7-27 14:18
”100 molecules of DES, 500 molecules of alcohols, and 1400 molecules of water are considered for  ...

肯定不能随机，每个分子运动轨迹都不同，自然相互作用也不同。
原文具体怎么弄的我不确定，没准是对所有A和所有B之间的相互作用能除以A-B之间的对数，从而得到平均值

sobereva 发表于 2019-7-26 22:36
文献的那种数量级应当是一对分子间的相互作用。你算了一大批分子，得到的是两类分子的总相互作用。看文献里 ...

”100 molecules of DES, 500 molecules of alcohols, and 1400 molecules of water are considered for MD simulations“。老师，文献中有这样一句话，我按照文献中的数目创建体系。然后创建组随机在每种组分中选择一个分子，指令： r 残基序号 & r 残基名，计算相互作用能，计算了几次单结果相差很大。是不是在创建组选择单个分子不能随机选，那这样应该按照什么样的原则选择呢？

文献的那种数量级应当是一对分子间的相互作用。你算了一大批分子，得到的是两类分子的总相互作用。看文献里模拟体系具体怎么搭建的。