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（更新5.0版）Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor

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ggdh

发布时间: 2019-7-30 11:02

正文摘要:

本帖最后由 ggdh 于 2021-8-1 17:00 编辑和本脚本功能类似，但用于orca结果监控的程序见ORCA几何优化的监控/诊断小脚本-orcamonitor 6.0版新特性（先立flag）目前弄大文件的时候有点慢，6.0版应该会重构部 ...

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wal 发表于 Post on 2025-4-20 11:39:25

mfdsrax2 发表于 2025-4-19 23:14
我在想，能不能做一个简单的，就只需要输出每一步的受力和位移，判断是否满足收敛标准就行了，很多时候不需 ...

你这个直接grep就能实现

mfdsrax2 发表于 Post on 2025-4-19 23:14:27

我在想，能不能做一个简单的，就只需要输出每一步的受力和位移，判断是否满足收敛标准就行了，很多时候不需要关注那么多复杂的东西

ggdh 发表于 Post on 2024-9-15 09:20:02

月时计发表于 2024-7-24 18:03
代码小白，只是好奇一个问题。如下：柔性扫描→提取最高点生成TS输入文件→过渡态结构优化→优化成功→IRC ...

可以的，更好的方案是：
提取最高点附近的3-4个结构
同时开展过渡态优化，并且用tsmonitor 监控。

月时计 发表于 Post on 2024-7-24 18:03:50

代码小白，只是好奇一个问题。如下：柔性扫描→提取最高点生成TS输入文件→过渡态结构优化→优化成功→IRC验证，这个流程通过脚本实现过渡态搜索自动化是否有可能？

neocc 发表于 Post on 2022-5-15 23:26:36

本帖最后由 neocc 于 2022-5-16 00:05 编辑

楼主能加入终端绘图功能嚒
我通过gnuplot搞定了无GUI绘图，超算上应该有需求，不知道matplotlib有没有这种能力，要是能搞出smile结构用于TS和scan就更666了

将以下脚本命名为OPT-E-monitor-noGUI.sh
运行时候必须要带上俩参数
如 ./OPT-g16-E-monitor.sh OPT-gaussian.out 10
表示每10s输出一次优化次数-能量曲线

#!/bin/bash
# $1 = out file
# $2 = delay in seconds
grep 'SCF Done' $1 | awk '{print $5}' |cat -n > $1-data.txt
while :
do
grep 'SCF Done' $1 | awk '{print $5}' |cat -n |tail -1 >> $1-data.txt
gnuplot -p <<EOF
reset session
set term dumb 120,30
set tics nomirror scale 0.5
set grid
set xlabel "steps"
set ylabel "Energy Variation (a.u.)"
unset key
plot '$1-data.txt' u 1:2 w l t "Step-E_{a.u.}"
EOF
sleep $2
done
# chmod +x

复制代码

效果大概是这样的

-2109.4 +-------------------------------------------------------------------------------------------------------+
            |             :                :             :             :                :             |
            |             :                :             :             :                :             |
-2109.6 |+...............:.................:................:................:.................:................|
            |             :                :             :             :                :             |
            |*             :                :             :             :                :             |
-2109.8 |*...............:.................:................:................:.................:................|
            | *             :                :             :             :                :             |
            | **          :                :             :             :                :             |
   -2110  |+.*.............:.................:................:................:.................:................|
            | **          :                :             :             :                :             |
            | **       :                :             :             :                :             |
            |    **       :                :             :             :                :             |
-2110.2 |+.....**........:.................:................:................:.................:................|
            |    **    :                :             :             :                :             |
            |       ***    :                :             :             :                :             |
-2110.4 |+.........**....:.................:................:................:.................:................|
            |          *** :                :             :             :                :             |
            |             ****             :             :             :                :             |
-2110.6 |+...............:******...........:................:................:.................:................|
            |             :    ********* :             :             :                :             |
            |             :          ****************    :             :                :             |
-2110.8 |+...............:.................:...........**************************************************.......|
            |             :                :             :             :                :       **** |
            |             :                :             :             :                :             |
   -2111 +-------------------------------------------------------------------------------------------------------+
         0             50             100             150             200             250             300

wzkchem5 发表于 Post on 2022-1-11 16:00:07

ymc1582 发表于 2022-1-11 07:49
请问：优化过渡态过程中，可不可以从中途提取一个结构并保存为gjf文件继续进行续算？（晚上电脑会关机，担 ...

可以

ymc1582 发表于 Post on 2022-1-11 14:49:54

请问：优化过渡态过程中，可不可以从中途提取一个结构并保存为gjf文件继续进行续算？（晚上电脑会关机，担心完不成计算任务）

ggdh 发表于 Post on 2021-11-24 16:51:09

本帖最后由 ggdh 于 2021-11-24 17:00 编辑

elvisng 发表于 2021-11-24 13:53
尝试了一下用 IRC 生成 gjf 的功能, 但不太成功。请问一下可能是什么问题? 输入和输出如下:

$ tsm -e "r ...

IRC.log 可能有问题导致无法正确识别其中内容。
方便的话加QQ:32589927 把IRC.log 传给我诊断一下bug？

elvisng 发表于 Post on 2021-11-24 13:53:40

尝试了一下用 IRC 生成 gjf 的功能, 但不太成功。请问一下可能是什么问题? 输入和输出如下:

$ tsm -e "r1-20 f1-20" -K "m062x 6-311g**" IRC.log

1 step job detected. Unit for energy is kCal/mol
IRC job detected
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r1 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r2 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r3 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r4 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r5 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r6 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r7 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r8 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r9 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r10 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r11 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r12 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r13 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r14 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r15 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r16 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r17 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r18 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r19 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r20 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f1 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f2 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f3 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f4 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f5 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f6 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f7 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f8 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f9 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f10 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f11 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f12 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f13 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f14 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f15 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f16 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f17 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f18 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f19 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f20 dose not exist.
sn scf RE dE MaxF*10 RMSF*10
Normal termination of Gaussian 16 at Fri Nov 12 14:05:56 2021.

冰释之川 发表于 Post on 2021-8-2 16:33:49