sobereva 发表于 2019-8-9 04:12
不能将核苷酸作为片段，否则两个片段间会有很近的距离，违背了文中说的“这些片段间至少要隔三个化学键” ...

非常感谢sob老师的帮助，感觉每篇文章必引Multiwfn!

八月的雨季 发表于 2019-8-8 22:23
按照sob老师您给的教程，计算了由两组配对碱基构成的核苷酸链中，上下形成堆积作用的核苷酸之间的色散能 ...

不能将核苷酸作为片段，否则两个片段间会有很近的距离，违背了文中说的“这些片段间至少要隔三个化学键”的要求，这是为什么得到的repulsion非常大。

就应当只把碱基部分当做片段

用Multiwfn做基于力场的能量分解可以非常容易、快速地得到两个碱基对之间的色散作用能，比起用B3LYP下的DFT-D色散校正能来估计在原理上更严格，见：
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

由于你只需要计算色散作用部分，所以上文中计算原子电荷的步骤可以省略，把所有原子电荷都设为0即可。