chen0201 发表于 2024-7-18 15:19
请问老师，我按照您的方法计算了分子动力学直径，但是对于苯乙炔这种分子来说，动力学直径是用躺着的苯环 ...

躺着的
文中CO2的例子体现出各个方向跨度不同时怎么考虑

sobereva 发表于 2024-5-6 12:51
今天看到一篇Nature文章用Multiwfn通过本文介绍的方法计算了动力学直径
Xiangjie Zhang, Tao Yan, Huaming ...

请问老师，我按照您的方法计算了分子动力学直径，但是对于苯乙炔这种分子来说，动力学直径是用躺着的苯环（分子动力学直径小~4）还是用立着的苯环（~6.5）来描述比较合适呢？或者有更好定量描述类似苯乙炔分子空间位阻效应的方法吗？

今天看到一篇Nature文章用Multiwfn通过本文介绍的方法计算了动力学直径
Xiangjie Zhang, Tao Yan, Huaming Hou, et al., Regioselective hydroformylation of propene catalysed by rhodium-zeolite, Nature (2024) https://www.nature.com/articles/s41586-024-07342-y

zhangweiwei 发表于 2024-5-5 05:14
卢老师您好！@sobereva 这个方法我已经基本掌握，并验算了CO2。但是我按照您这个帖子，尝试验证了一下CH4的 ...

Multiwfn里旋转后，导出gjf文件，Gaussian重新算个单点（加上nosymm避免Gaussian自动修改朝向）得到新的波函数文件，重新再按照博文里的步骤计算直径就完了

卢老师您好！@sobereva 这个方法我已经基本掌握，并验算了CO2。但是我按照您这个帖子，尝试验证了一下CH4的计算，发现有较大偏差（算出来4.537，原文4.046）。请问是我步骤不对，还是没有领悟原文/帖子的精髓？在第二步一定需要fch文件吗？因为如果我旋转了，就只能输出pdb/xyz文件，然后用pdb/xyz文件计算0.0015的等势面。
我的步骤如下：
gausssian view新建一个CH4.gjf，如帖子中一样操作，计算出chk转成fch。由于此时C-H键并不是平行于xyz轴，于是按照【Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 24674&fromuid=62697】，将C-H键旋转与z轴平行，然后生成pdb/xyz文件。然后将这个pdb/xyz文件按照您帖子里的步骤计算生成vtx.pdb得到如下信息：
Minimum X is   -2.20800000 Angstrom, at atom      40(C )
Minimum Y is   -2.20800000 Angstrom, at atom    1710(C )
Minimum Z is   -1.99600000 Angstrom, at atom    2491(C )
Maximum X is    2.44900000 Angstrom, at atom    4995(C )
Maximum Y is    2.44900000 Angstrom, at atom    2302(C )
Maximum Z is    2.54100000 Angstrom, at atom    2493(C )
可以看到最短方向Z轴，长度为4.537，与原文4.046相差很大。
文件附在后面。如果是您，您会怎么做？恳请解答，谢谢！

zhangweiwei 发表于 2024-5-4 00:22
卢老师好！@sobereva 您说：“如JPCA文中表2所示，用0.0015 a.u.作为等值面数值计算后，原理上最好再乘上拟 ...

除以

卢老师好！@sobereva 您说：“如JPCA文中表2所示，用0.0015 a.u.作为等值面数值计算后，原理上最好再乘上拟合出来的系数1.025。”，文中得到的拟合曲线斜率是1.025，如图。y是QM结果，x是breck实际结果。应该是除以1.025才对吧？

ydba 发表于 2023-7-7 05:07
sob老师，可以通过http://sobereva.com/426这篇帖子中提到的“将分子摆正”后的new.pdb文件，再读取表面顶 ...

你可以用Multiwfn摆正后的结构计算波函数文件，按本文做法计算表面顶点位置

sob老师，可以通过http://sobereva.com/426这篇帖子中提到的“将分子摆正”后的new.pdb文件，再读取表面顶点的最大、最小坐标吗得到动力学直径吗？

http://sobereva.com/190好像和这篇博文的方法3,4很类似

大神棒棒哒！