求助：GMX中跨周期体系的top文件写法

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发布时间: 2019-8-21 15:19

本帖最后由 EdwardLimit 于 2019-8-21 15:20 编辑给位老师好，由于材料都是周期性结构，必然存在跨周期的键，如图中的1和10'，但我不明白如何在GMX的拓扑文件中怎么这个键，比如是否可写为 1 ...

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EdwardLimit 发表于 Post on 2019-8-22 19:00:33

ggdh 发表于 2019-8-22 17:54
兄弟，你这么严谨的么？就我所知gmx键没有cut off

谢啦，中午问了一个做计算的老师，和我说是第一种，如果不考虑pbc是第二种。

ggdh 发表于 Post on 2019-8-22 17:54:59

兄弟，你这么严谨的么？就我所知gmx键没有cut off

EdwardLimit 发表于 Post on 2019-8-21 22:20:27

本帖最后由 EdwardLimit 于 2019-8-21 22:25 编辑

ggdh 发表于 2019-8-21 19:32
是的，就是这么写的
不过sob的培训班中讲的是用
gmx x2top 产生的top文件，这个命令默认产生就是具有周期 ...

好的，我试试。

ggdh 发表于 Post on 2019-8-21 19:32:26

是的，就是这么写的
不过sob的培训班中讲的是用
gmx x2top 产生的top文件，这个命令默认产生就是具有周期性的top

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