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构建显示溶剂模型过渡态技巧求助

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发布时间: 2019-8-22 03:25

正文摘要:

本帖最后由 wr52139 于 2019-8-22 03:28 编辑 各位老师好,我在研究一个闭环反应的时候,怀疑有水分子参与反应(如图),水分子为图中O30, H31,H32。我觉得应该是水分子的O30去和苯环上H22结合,水分子中H32和Cl2 ...

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mutron 发表于 Post on 2019-8-29 17:26:28
本帖最后由 mutron 于 2019-8-30 01:18 编辑

1.不同氧化剂有可能有不同的氧化机理,比如电子直接转移、形成酯中间体等,因此会得到不一样的产物。我建议加几个自由基机理的氧化剂试试,比如合成聚苯胺最常用的过硫酸铵,另外还有Fremy盐,这两个氧化剂一般都认为是自由基氧化过程(如果能得出和次氯酸一样的脱氢产物,基本可以排除是氯胺机理)。无论是氯胺光照变成氯原子,还是氯胺通过和体系中的Cl负离子生成氯气分子(orton重排),苯环都会生成各种氯代产物,如果检测结果是没有任何氯代产物,我个人还是认为氯胺(哪怕生成了)没有参与到反应当中

2.把二苯基胍浓度提高(甚至可以做一次有机反应),如果得出相同的质谱结果,就可以考虑分离打核磁确定结构了,如果产物弄错了那么所有机理讨论、后续的过渡态计算都没有意义

3.还有没有其它产物?其它产物也会对机理的讨论有帮助,比如下面的苯醌

如果产物结构没有错的话,有可能是以下机理:


苯胺氧化生成苯醌也可能不经过重排

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mutron 发表于 Post on 2019-8-23 14:59:33
本帖最后由 mutron 于 2019-8-23 15:48 编辑
wr52139 发表于 2019-8-23 01:43
感谢mutron老师的指导,我也在疑惑这种反应机理,不过您提到的orton重排机理让我挺受启发。我的体系是1,3-d ...

如果次氯酸过量都没有检测到任何氯胺或者氯代产物,很有可能反应途径并不需要经过氯胺(也有可能氯胺太容易水解掉),那么这个就是普通的(苯胺)氧化偶联反应而已,自由基过程。以下是个人猜测,其它两个产物同理:

Accelerator 发表于 Post on 2019-8-23 09:08:48
wr52139 发表于 2019-8-23 00:14
我也考虑过,不过目前无法确定,因为反应体系中只有次氯酸钠和污染物,没有UV,所以觉得不会产生自由基。 ...

是 如果把SEAr改成烷基H攫取就是个人名反应 是自由基机理
wr52139 发表于 Post on 2019-8-23 01:45:26
Accelerator 发表于 2019-8-22 12:58
PM6优化的过渡态经常和真实结构相去甚远 可以考虑PM7或xtb
这种不需要预优化 就固定被你用虚线显示的这几 ...

谢谢您的建议,那我试一下先用PM7加上限制性优化试试。
mutron 发表于 Post on 2019-8-23 00:40:23
本帖最后由 mutron 于 2019-8-23 13:32 编辑

找反应过渡态需要对反应本质有大概的认知,而且不同反应条件有可能导致不同反应途径。如果我没理解错的话,题主要的反应是:氯胺上的N(富电)对含有氨基的苯环进行(亲电)取代反应。你想找的这一步反应不太可能实现

氯胺对苯环的N取代反应,要不按照传统反应条件,酸+光照,通过N自由基机理;要不氯胺上的Cl先氯代苯环(也可以在氯化氢溶液里面进行orton重排),然后生成的氨基再取代上一步的邻位氯代产物。

wr52139 发表于 Post on 2019-8-23 00:14:19
本帖最后由 wr52139 于 2019-8-23 00:15 编辑
Accelerator 发表于 2019-8-22 12:58
PM6优化的过渡态经常和真实结构相去甚远 可以考虑PM7或xtb
这种不需要预优化 就固定被你用虚线显示的这几 ...

我也考虑过,不过目前无法确定,因为反应体系中只有次氯酸钠和污染物,没有UV,所以觉得不会产生自由基。只是产物中检测出疑似脱去HCl的产物,所以想着先按照非自由基反应去找过渡态。您说的自由基反应机理是说N-Cl键均裂,然后N去和苯环上C相连吗?
Accelerator 发表于 Post on 2019-8-22 16:03:49
lidocaine39 发表于 2019-8-22 14:41
您好,请问检查虚频是指对固定优化的结构做频率计算,然后查看该结构的虚频吗?

是 虚频模式应当与反应模式相符 否则放开自由度优化肯定会飞
lidocaine39 发表于 Post on 2019-8-22 14:41:23
Accelerator 发表于 2019-8-22 12:58
PM6优化的过渡态经常和真实结构相去甚远 可以考虑PM7或xtb
这种不需要预优化 就固定被你用虚线显示的这几 ...

您好,请问检查虚频是指对固定优化的结构做频率计算,然后查看该结构的虚频吗?
Accelerator 发表于 Post on 2019-8-22 12:58:33
PM6优化的过渡态经常和真实结构相去甚远 可以考虑PM7或xtb
这种不需要预优化 就固定被你用虚线显示的这几根键先找极小值点 检查虚频后再放开全部自由度优化过渡态一般就行了
此外确定这反应不是自由基机理?

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