如果你是windows环境，直接用我编译好的GPU加速的gmx就完了
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

你可别告诉我这是虚拟机。普通虚拟机是不支持独立显卡的。再说了，不要用virtualbox，用wmware。显卡直通很麻烦，一般也没人这么用，要用到cuda加速，直接装实体机centos。