在slurm作业集群上提交你修改的splitMC脚本，再运行sbatch  < molclus.sh, 出现以下问题，请问是什么原因？

用splitMC 分割完成后，直接运行runall.sh ，出现如下提示，请问是什么原因？单个任务运行molclus是正常的。

请问运行pbs脚本出现如下报错需要如何解决呢？
/home/xxx/.bashrc: line 91: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted


参考论坛的 《Centos7 安装torque,在pbs提交作业的脚本中加入ulimit –s unlimited 报错！》帖子 操作完成后依然是上述报错
http://bbs.keinsci.com/thread-11055-1-1.html

TDHFjiang 发表于 2021-1-14 17:44
awk 'BEGIN{countflag=1;count=0}{if(NF==1 && countflag==1){count=count+1;countflag=0;next}if(NF==4){c ...

1. awk 'NF==1 && !/[A-Za-z]/ {count++} END{print count}'

复制代码

awk 'BEGIN{countflag=1;count=0}{if(NF==1 && countflag==1){count=count+1;countflag=0;next}if(NF==4){countflag=1}}END{print count}'

老师，新版本的splitMC 读取traj.xyz中的个数有点问题，我把这个$TOT判断条件改成原来的可以用，如果遇到结构数大于10001， genmer产生的traj.xyz文件中Configuration:20000作为1列，那么这个判断标准失效，对结构总数判断出错。

这个地方是否应该再加入一个[], 否则会报$i为空时不符合一元运算的错误，不过不影响分割的结果

TDHFjiang 发表于 2020-11-24 20:05
将splitMC 和 svp文件夹放在同一个目录下，直接执行splitMC -t 10 svp， 或者将splitMC执行路径写在环境 ...

请通过上传图片方式贴图，否则其他人看不到，如这里注明的：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

将splitMC 和 svp文件夹放在同一个目录下，直接执行splitMC -t 10 svp， 或者将splitMC执行路径写在环境变量.bashrc里，可以全局调用，就可以分解为10个文件夹，svp目录下的内容如图所示，其中比较重要的molclus.sh, 这是我用来提交集群作业的脚本，内容如下，

提交任务就是bsub < molclus.sh, 如果是单机，直接就是nohup ./molclus > molclus.log  &， 我把splitMC 里面的，runall.sh 对应的部分，做了相应的修改，
分割完成后，直接运行runall.sh ，就是去每个文件夹下，执行bsub < molclus.sh，提交任务

ggdh 发表于 2020-7-20 21:15
更新了版本，现在可以指定从哪里开始(-b)到哪里结束了 (-e)
另外你之前提到的哪个conformation和configu ...

-b 10 -e 200 这个功能很好用，谢谢

junjiqiangzhe 发表于 2020-8-9 11:56
请问这个脚本能单纯的用于合并多个.xyz文件吗?可以的话要如何操作呢？

多个.xyz直接用命令合并
rm all.xyz
for i in *.xyz
do
cat $i >> all.xyz
done

请问这个脚本能单纯的用于合并多个.xyz文件吗?可以的话要如何操作呢？

TDHFjiang 发表于 2020-7-17 22:11
有时候任务中断了，没办法，只能手动了

更新了版本，现在可以指定从哪里开始(-b)到哪里结束了 (-e)
另外你之前提到的哪个conformation和configuration的问题也解决了。

ggdh 发表于 2020-7-17 21:58
为啥会有这样的要求呢？

有时候任务中断了，没办法，只能手动了