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求教，想问一下关于Invalid order for directive atomtypes这个错误的解决办法

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sungl123456

发布时间: 2019-8-29 19:50

正文摘要:

本帖最后由 sungl123456 于 2019-8-29 19:51 编辑我使用的软件是gromacs4.6.7版本，模拟甲醇分子和一个盐离子之间的相互作用，在能量最小化输入grompp -f minim.mdp -c interface.gro -p ...

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清梦星河 发表于 Post on 2025-1-4 16:33:45

#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"
#include "ligand.itp"
像这样就可以，把生成的ligand.itp引用到力场拓扑下面就行。我没有做什么提取合并

XWQinFUNSOM 发表于 Post on 2022-1-19 09:33:58

我也出现了相同的问题，只不过我的两个分子都是OPLS-AA力场，所以直接把.top中include第二个分子.itp文件中的 [ atomtypes] 删除了，之后跑的时候就没有再报错。

22060351 发表于 Post on 2021-8-11 12:20:56

王寓于发表于 2020-4-21 20:51
已经解决了，谢谢。

您好，我遇到了同样问题，请问您是如何解决的

王寓于 发表于 Post on 2020-4-21 20:51:38

sungl123456 发表于 2020-4-21 16:05
你可以把你的top和itp，以及报错内容传上来，我们一起来看看

已经解决了，谢谢。

sungl123456 发表于 Post on 2020-4-21 16:05:33

王寓于发表于 2020-3-24 10:03
我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里，top顺序是[ atomtypes ] include [ system] [ mole ...

你可以把你的top和itp，以及报错内容传上来，我们一起来看看

sobereva 发表于 Post on 2020-3-25 22:08:50

王寓于发表于 2020-3-24 10:03
我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里，top顺序是[ atomtypes ] include [ system] [ mole ...

把include 的内容全都展开了，把所有字段放在一起再看

王寓于 发表于 Post on 2020-3-24 10:03:55

我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里，top顺序是[ atomtypes ] include [ system] [ molecules] 还是同样报错，我看了您的帖子，请问您是这样解决的吗？

kay 发表于 Post on 2020-1-3 18:27:14

sobereva 发表于 2020-1-3 18:18
重复的只保留一个
要搞清楚itp被include入top后，相当于把itp里的内容直接复制到了top里。不要管字段在 ...

谢谢老师

kay 发表于 Post on 2020-1-3 18:27:07

ggdh 发表于 2020-1-3 18:05
不需要重复定义了

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-1-3 18:18:24

kay 发表于 2020-1-3 16:54
咨询一下老师，[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，如果两分子有相同类型的原子，就不需要重 ...

重复的只保留一个
要搞清楚itp被include入top后，相当于把itp里的内容直接复制到了top里。不要管字段在什么文件里

ggdh 发表于 Post on 2020-1-3 18:05:56

kay 发表于 2020-1-3 16:54
咨询一下老师，[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，如果两分子有相同类型的原子，就不需要重 ...

不需要重复定义了

kay 发表于 Post on 2020-1-3 16:54:07

ggdh 发表于 2019-8-29 19:58
把每个itp中的[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，的itp前面

咨询一下老师，[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，如果两分子有相同类型的原子，就不需要重复定义了是吧？还有在top中定义了[ atomtypes ]之后，itp中也是必须要定义的么？

furliujing 发表于 Post on 2019-10-13 21:51:29

你用的立场是什么，我用的是gromacs场，在methanol.itp文件中只有atoms没有atomtypes ，也出现了和你相同问题。用你上述说的没办法解决

sungl123456 发表于 Post on 2019-8-30 09:55:24

最终的解决方案是将itp文件中的atomtypes提出，放置于top文件中的#include ./methanol.itp和#include ./NCH2CH2CH2CH3.itp之前，问题解决，不过两个itp文件合并出来的原子类型中少量原子类型出现了重复定义的情况，直接运行会报warning，于是我把重复的原子类型的后一个，序数换一个数字，当然这样稍显麻烦不过能解决问题，另外我也确认过自带力场文件中的这些序数没有并定义过

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