gromacs做原子原子RDF时选mol_com和不选此语句时，峰高相差一倍

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发布时间: 2019-9-3 16:48

请问下大家，我在做锂离子跟TFSI阴离子中的O原子之间的RDF时，使用了两种语句，一个没加-seltype mol_com，一个加了-seltype mol_com（感觉原子-原子RDF是不用加的，但是加了应该跟前者没差别吧），出来的图形状一样 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-1-10 02:39:58

tjuptz 发表于 2021-1-9 23:01
请问老师，如果是各个分子或残基中苯环质心rdf该如何选择呢？各种分子或残基中的苯环可以通过原子名创建 ...

有希望，可以试试

tjuptz 发表于 Post on 2021-1-9 23:01:40

本帖最后由 tjuptz 于 2021-1-9 23:25 编辑

sobereva 发表于 2019-9-5 11:43
按6L说的做

请问老师，如果是各个分子或残基中苯环质心rdf该如何选择呢？各种分子或残基中的苯环可以通过原子名创建一个组，再用-seltype mol_com就可以了吗？

Little-Extra 发表于 Post on 2019-9-5 17:11:40

sobereva 发表于 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

感谢sob老师，已经按照您说的做完了~

naoki 发表于 Post on 2019-9-5 15:20:05

sobereva 发表于 2019-9-5 11:43
按6L说的做

谢谢老师指点~

naoki 发表于 Post on 2019-9-5 15:19:56

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-5 10:05
把苯环分子创建索引文件里，然后按图操作是否可行？

好的，我去试试，谢谢指点~

sobereva 发表于 Post on 2019-9-5 11:43:05

naoki 发表于 2019-9-5 09:05
Sob老师这个是分子质心的RDF，有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢，谢谢您的 ...

按6L说的做

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-9-5 10:05:27

naoki 发表于 2019-9-5 09:05
Sob老师这个是分子质心的RDF，有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢，谢谢您的 ...

把苯环分子创建索引文件里，然后按图操作是否可行？

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naoki 发表于 Post on 2019-9-5 09:05:18

sobereva 发表于 2019-9-5 01:23
参考

Sob老师这个是分子质心的RDF，有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢，谢谢您的回复~

sobereva 发表于 Post on 2019-9-5 01:23:44

naoki 发表于 2019-9-4 08:59
想请教一下sob老师用vmd怎么计算分子中苯环质心到另一原子的RDF，谢谢啦

参考

naoki 发表于 Post on 2019-9-4 08:59:02

sobereva 发表于 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

想请教一下sob老师用vmd怎么计算分子中苯环质心到另一原子的RDF，谢谢啦

sobereva 发表于 Post on 2019-9-4 01:31:10

就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

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