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使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)

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发布时间: 2019-9-18 00:03

正文摘要:

注:笔者后来又写了《使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用》(http://sobereva.com/676),其中介绍的重要的LEAE函数与ALIE有关键性的互补,非常 推荐阅读! 使用Multiwfn和 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-7-5 11:22:57
今日新写了此文,对ALIE有关键性的互补,非常推荐阅读
使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
http://sobereva.com/676http://bbs.keinsci.com/thread-38416-1-1.html
sobereva 发表于 Post on 2023-2-25 03:40:18
光子 发表于 2023-2-24 11:13
请问老师,极小点的数值如何准确显示出来呢?

文章中都已经明确说了
如果你想查询分子表面ALIE极值点具体的值,也效仿此文里面说的做法。

光子 发表于 Post on 2023-2-24 11:13:11
请问老师,极小点的数值如何准确显示出来呢?
WOOOOWOOOO 发表于 Post on 2022-11-9 15:38:06
sobereva 发表于 2022-11-9 12:25
没有任何矛盾之处
极小点是相对于周围区域都更负的点。如同势能面上的局部极小点。没任何理由表面极小点 ...

谢谢老师,老师牛逼
sobereva 发表于 Post on 2022-11-9 12:25:38
WOOOOWOOOO 发表于 2022-11-8 19:58
请问关于ALIE这条审稿意见要怎么回复?“Fig. 1 caption, "the minimum point of ALIE" is not consistent  ...

没有任何矛盾之处
极小点是相对于周围区域都更负的点。如同势能面上的局部极小点。没任何理由表面极小点非得是在表面上最负的地方出现
WOOOOWOOOO 发表于 Post on 2022-11-8 19:58:44
请问关于ALIE这条审稿意见要怎么回复?“Fig. 1 caption, "the minimum point of ALIE" is not consistent with the multiple blue balls of ALIE described in your manuscript. It needs to be reconsidered.”我感觉审稿人是觉得有些极小点没有出现在蓝色位置,甚至有些在红色的区域,表面看起来没那么小。这涉及到这个等值面的计算细节?麻烦老师们给看看,谢谢了。

54ec4b7c0d5129763730e821f917671.jpg (66.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

54ec4b7c0d5129763730e821f917671.jpg
sobereva 发表于 Post on 2020-11-19 05:27:29
puzzle_07 发表于 2020-11-18 10:08
老师好,在绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图时按照视频做法双击脚本文件后仅在VMD目录下产生了d ...

把批处理文件干的事手动操作一遍,仔细看屏幕上的提示便知是哪里出了问题
puzzle_07 发表于 Post on 2020-11-18 10:08:56
老师好,在绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图时按照视频做法双击脚本文件后仅在VMD目录下产生了density.cub文件而没有出现另外两个avglocion.cub和surfanalysis.pdb,脚本中这两处的路径也是更改过的,请问是怎么回事呢
sobereva 发表于 Post on 2020-2-21 01:10:09
今日更新了Multiwfn,加入了绘制局部电子亲合能的脚本,看本文末尾新添加的说明

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