求助：如何消除NPT混合物体系中的气泡（大缝隙）

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发布时间: 2019-9-24 16:36

这是我的压力耦合参数： ; Pressure coupling pcoupl = berendsen pcoupltype &nb ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-9-26 04:10:51

amagi 发表于 2019-9-25 09:31
老师限制势方式是不是在mdp里设置position restrained呀
我一直用的是在mdp里写freeze group

位置限制体现在拓扑文件里，手册里搜position restraint

amagi 发表于 Post on 2019-9-25 09:31:58

sobereva 发表于 2019-9-25 03:01
别在compressibility上做文章，加快控压还不如改小tau-p
另外注意检查初始结构。如果对低层石墨烯用了free ...

老师限制势方式是不是在mdp里设置position restrained呀
我一直用的是在mdp里写freeze group

sobereva 发表于 Post on 2019-9-25 03:01:31

别在compressibility上做文章，加快控压还不如改小tau-p
另外注意检查初始结构。如果对低层石墨烯用了freeze，建议改成限制势方式固定

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