求助：怎么让盒子内的分子有序排列？

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发布时间: 2019-9-24 23:07

看到文献中的分子链都是平行排列的

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暖空 发表于 Post on 2019-9-26 09:57:03

sobereva 发表于 2019-9-26 03:44
可以试试，但跑成理想的晶体没那么容易

好的，谢谢老师。

sobereva 发表于 Post on 2019-9-26 03:44:10

暖空发表于 2019-9-25 22:08
sob老师好，我想模拟纯有机分子的固态发光性能，打算在晶体结构的基础上用QM/MM来考虑MM层分子对QM层分子 ...

可以试试，但跑成理想的晶体没那么容易

暖空 发表于 Post on 2019-9-25 22:08:29

sobereva 发表于 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转，或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了

sob老师好，我想模拟纯有机分子的固态发光性能，打算在晶体结构的基础上用QM/MM来考虑MM层分子对QM层分子的影响，但是实验文献中没有给出单晶结构。请问可以用Packmol先跑一个有序排列的结构，再在NPT下跑一下MD，然后在跑完MD得到结构的基础上再做QM/MM可以么？

万年流星 发表于 Post on 2019-9-25 20:10:10

sobereva 发表于 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转，或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了

谢谢老师，之前限制加的不对，现在好了

sobereva 发表于 Post on 2019-9-25 01:53:28

使用constrain_rotation避免随意旋转，或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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