温度平衡之后盒子中分子的位置出现异常

查看数: 9689 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2019-9-25 09:01

温度平衡后盒子中分子的位置出现了异常，nvt.mdp文件如图。初学gromacs，麻烦大家

回复 Reply

乐嘻嘻嘻 发表于 Post on 2019-9-26 14:30:44

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-26 10:48
gmx trjconv -f *.xtc -s *.tpr -pbc mol -o *.xtc

非常感谢

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-9-26 10:48:02

gmx trjconv -f *.xtc -s *.tpr -pbc mol -o *.xtc

sobereva 发表于 Post on 2019-9-26 04:26:17

异常指的什么？如果是粒子跨越盒子，用trjconv的-pbc选项修正就完了
如果你是指的没有紧密排布，那是因为你用了太大的盒子，还没开控压

乐嘻嘻嘻 发表于 Post on 2019-9-25 14:27:42

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-25 10:26
保持分子完整性看看什么样

能麻烦问一下，我应该设置什么来保持分子完整性呢

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-9-25 10:26:11

保持分子完整性看看什么样

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register