您好，我建的模型和您的差不多，后续发现很难平衡，膜分布很不均匀，请问可以用什么办法让它均匀点吗？

naoki 发表于 2023-2-24 10:40
polymatic并不仅限于构建线型聚合物，其原文中已指出可用于构建交联聚合物。
举两个例子：
10.1038/nma ...

感谢大佬的指点！🤗🤗🤗

JCenter 发表于 2023-2-24 01:57
大佬，我突然有个疑问，polymatic是为用于构建无定形线性聚合物而做出的程序包，可以用于构建结晶性聚合物 ...

polymatic并不仅限于构建线型聚合物，其原文中已指出可用于构建交联聚合物。
举两个例子：
10.1038/nmat4638
10.1002/anie.202103555
结晶性聚合物可以构建，但是构建后应该不是结晶状态，需要后续的md步骤来做

大佬，我突然有个疑问，polymatic是为用于构建无定形线性聚合物而做出的程序包，可以用于构建结晶性聚合物的聚合模拟吗，而且它做出来的应该也是线性聚酰胺吧，不是交联的聚酰胺。不知道要不要接着用了，哈哈哈

shiqiyuan 发表于 2022-3-2 09:45
请问一下Polymatic直接解压就能用嘛？谢谢

是的，你得改一下脚本里lammps的路径

请问一下Polymatic直接解压就能用嘛？谢谢

naoki 发表于 2022-2-13 10:00
是的，我觉得是一次一根键

谢啦

tjuptz 发表于 2022-2-12 17:43
楼主好，最近在借鉴polymaic脚本来自己写的脚本，我发现polym.pl执行1次也就polym_loop.py里的一圈循环最 ...

是的，我觉得是一次一根键

naoki 发表于 2022-1-23 21:38
太强了，期待早日实现

楼主好，最近在借鉴polymaic脚本来自己写的脚本，我发现polym.pl执行1次也就polym_loop.py里的一圈循环最多只找到一个成键的对，跟您确认下是这样吧？
这样的话感觉效率低了。

tjuptz 发表于 2022-1-23 20:30
好的，谢谢。我再试试

太强了，期待早日实现

naoki 发表于 2022-1-23 19:52
加上电荷跑退火更合理些
我的cutoff是6 angstrom，我没加intra，感觉加不加对MPD和TMC都一样

好的，谢谢。我再试试

tjuptz 发表于 2022-1-23 14:14
好的，谢谢提供信息和建议。我在gromacs用gaff力场试验的，把除了连接原子外其他原子电荷都设为0了，可能 ...

加上电荷跑退火更合理些
我的cutoff是6 angstrom，我没加intra，感觉加不加对MPD和TMC都一样

naoki 发表于 2022-1-23 14:07
ptz兄好，常温下应该没有这种产物。当MPD与TMC反应生成一个酰胺键后，这俩环被酰胺键隔开，没法再扭转过 ...

好的，谢谢提供信息和建议。我在gromacs用gaff力场试验的，把除了连接原子外其他原子电荷都设为0了，可能跟这个有关。你用polymatic加pcff力场直接用距离标准就不会出现这种情况吗？是否加了不允许分子内intra成键的选项呢？

tjuptz 发表于 2022-1-22 22:44
楼主好，我最近自己写脚本做这个，用少量分子试验时发现会有这种一个MPD的2个N与一个TMC的2个C连一起，如下 ...

ptz兄好，常温下应该没有这种产物。当MPD与TMC反应生成一个酰胺键后，这俩环被酰胺键隔开，没法再扭转过来反应了，这需要克服的势垒太高。我用polymatic脚本做交联的时候，在pcff力场下没出现这种结构。如果你写的脚本是考虑linker之间距离和角度来判断交联，不妨将cutoff设大一点看看。比较合理的方法可能是先通过距离和角度的cutoff判断成键，在生成几个化学键后，跑em或md退火，或许可以避免这种问题。