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关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异

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发布时间: 2019-9-27 02:32

正文摘要:

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber有所差异Regarding why the RESP charge calculated by Multiwfn is different from that of Antechamber 文/Sobereva@北京科音 2019-Sep-27 0 前言 RESP电荷 ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-10-19 13:10:39
锁塘柳烟池 发表于 2019-9-27 05:07
最近也注意到了这个问题。antechamber强大之处在于能把这样一个杯芳烃的结构上的等价原子都自动约束上。对 ...

今日更新了Multiwfn,目前等价性约束、电荷约束对标准RESP两步式拟合的第一步也生效了。(对第二步没法利用,因为会和标准RESP拟合的第二步在原理上冲突)

并且新版本Multiwfn已支持直接利用整体或子区域的点群对称性自动产生等价原子列表,比老版本方便多了,见此文新添加的3.5节的例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
sobereva 发表于 Post on 2019-9-29 01:59:46
乐嘻嘻嘻 发表于 2019-9-28 19:56
非常感谢老师的这篇帖子,想自己实践上尝试Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的差异,但是在用高斯+ameb ...

从这上看不出来
乐嘻嘻嘻 发表于 Post on 2019-9-28 19:56:24
非常感谢老师的这篇帖子,想自己实践上尝试Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的差异,但是在用高斯+amebr针对高斯的输出结果做resp电荷拟合时出现了如图所示的问题,麻烦问一下应该如何解决~

LJ7]MF69CQ{}EP]9351V4SK.png (11.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 105)

LJ7]MF69CQ{}EP]9351V4SK.png
sobereva 发表于 Post on 2019-9-27 07:43:51
Daniel_Arndt 发表于 2019-9-27 06:23
有一个纯属好奇的问题,如果用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**并且带上隐式溶剂模型算RESP电荷,会被审稿人质疑吗?

没有可质疑的地方
顶多个别审稿人觉得基组还可以再提升提升,比如提升到def2-TZVP,对静电势的描述还是有可查觉的改进的
Daniel_Arndt 发表于 Post on 2019-9-27 06:23:50
有一个纯属好奇的问题,如果用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**并且带上隐式溶剂模型算RESP电荷,会被审稿人质疑吗?
sobereva 发表于 Post on 2019-9-27 05:36:45
锁塘柳烟池 发表于 2019-9-27 05:07
最近也注意到了这个问题。antechamber强大之处在于能把这样一个杯芳烃的结构上的等价原子都自动约束上。对 ...

自动判断对称性并施加约束是未来版本预计加入的功能

如果想基于自设的等价性约束做两步拟合,只需要按照RESP那个博文末尾说的,基于自设的等价性约束做两次一步拟合就行了,这样过程清楚,不会有任何含糊、混乱、歧义。
锁塘柳烟池 发表于 Post on 2019-9-27 05:07:59
最近也注意到了这个问题。antechamber强大之处在于能把这样一个杯芳烃 calix.mol2 (16.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 的结构上的等价原子都自动约束上。对我来说这个分子写一个multiwfn的约束文件有点太麻烦了。

另,resp计算有两步,我的理解multiwfn加了约束就只能做一步计算。不知道antechamber自动做约束后是做一步还是两步呢

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