感谢

我测试了一下正戊烷分子，发现CH2-CH2-CH2-CH2二面角符合楼主的分布，但是对于CH3-CH2-CH2-CH2却集中在0°，感觉是不是不太对啊，按理说稳定构象应该是180°或者是-180°吧。我在想是不是楼主脚本中V1的距离V1 V2写反了，我和下面一样貌似能统计对

请问这个脚本怎么用可以得到淀粉葡萄糖残糖苷键之间的二面角φ（O5-C1-O1-C4′）和ψ（C1-O1-C4′-C3′），并绘制出拉式图？脚本命令行里需要修改什么内容吗

Jus 发表于 2023-1-29 14:58
老师您好，我对脚本不太熟悉，我想计算两个原子构成的向量与Z轴之间形成的夹角的度数，随着时间的变化。我 ...

啊啊您好！我也想计算两个原子与某个固定坐标轴所形成的夹角变化，请问您解决了吗，能否请教一下这个问题？感激不尽，折磨我很久了！（另外，楼主的脚本好像下载不了了，请问怎么办呀

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-26 16:37
请问老师，我想求主链上所有的二面角（大概400个）随时间的变化情况，该如果提取呢？正常要是一个二面角我 ...

您好，请问这个问题您解决了吗？我现在也遇到这个问题，多个二面角不知道如何去统计，可有偿。

请问老师，键角的脚本介绍中，“select1和select2分别定义了第一条向量的起点与终点，select3和select4分别定义了第二条向量的起点与终点”，这句话没太读懂什么意思，例如：水分子中两个氢的夹角(H-O-H)如何定义两个向量的起点与终点呀

请问一下这个纵坐标的单位是百分号吗 然后如果distribution那边的数值是0的话 想对应到FE中应该怎么处理 是需要把每一步的间隔调小一点吗？目前是10ps一帧，我的二面角一帧就从180°到0°了 是不是我把一帧调成1ps就能看到转变的过程的FE了？

谢谢老师分享

shenmh3 发表于 2023-5-17 16:07
ene老师，我想请教下，我有一个含1000帧结构的xyz文件，想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17， ...

老师，我已经解决啦！不麻烦您啦

ene老师，我想请教下，我有一个含1000帧结构的xyz文件，想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17，36.....）出来整合成xyz，需要提取的帧数编号在VMD文件夹下存放，这种操作可以用tcl实现吗？应该怎么做呢？

老师您好，我对脚本不太熟悉，我想计算两个原子构成的向量与Z轴之间形成的夹角的度数，随着时间的变化。我使用的是您的angle.tcl脚本，我现在的问题是不会修改脚本中的变量，不知道如何改写成我想计算的东西。想请问一下老师，是改写脚本中的"select 1""select2""select3""select4"吗，是将它分别改成形成向量的原子吗，如果是的话，在剩余两个变量"select3""select4"中，我又应该如何描述Z轴。
万分感谢老师！

大佬，我有一个问题，我的体系二面角是有规律的，可以很容易的选取。我想使根据二面角的角度来标记颜色，例如图片中的O1-C2-C3-O4二面角，当角度为0~60度的时候标记为绿色，这种标记方式好实现吗？感谢！

Hear 发表于 2022-10-14 19:15
你好，请问你这个问题解决了吗

文件权限问题。我的VMD自动安装在C盘，导致打开该脚本的权限需要自己设置一下才行。

护卫天使 发表于 2022-7-24 20:34
您好，我第一次使用脚本统计两个原子的距离。在你的distancd_distribution.tcl脚本修改了原子序号。出现的 ...

你好，请问你这个问题解决了吗