dxf 发表于 2024-6-23 16:10
请问老师，我的命令是gmx_mpi rmsf -f md_50a.xtc -s md_50.tpr -o rmsf_residues.xvg -res，还是需要我 ...

已解决，谢谢老师

sobereva 发表于 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算

请问老师，我的命令是gmx_mpi rmsf -f md_50a.xtc -s md_50.tpr -o rmsf_residues.xvg -res，还是需要我选组，这个要怎么操作呀

Command line:
  gmx_mpi rmsf -f md_50a.xtc -s md_50.tpr -o rmsf_residues.xvg -res

Reading file md_50.tpr, VERSION 2024.2 (single precision)
Reading file md_50.tpr, VERSION 2024.2 (single precision)
Select group(s) for root mean square calculation
Group     0 (         System) has 36460 elements
Group     1 (        Protein) has  3158 elements
Group     2 (      Protein-H) has  1567 elements
Group     3 (        C-alpha) has   202 elements
Group     4 (       Backbone) has   606 elements
Group     5 (      MainChain) has   809 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has   992 elements
Group     7 (    MainChain+H) has  1002 elements
Group     8 (      SideChain) has  2156 elements
Group     9 (    SideChain-H) has   758 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has  3158 elements
Group    11 (    non-Protein) has 33302 elements
Group    12 (          Water) has 33297 elements
Group    13 (            SOL) has 33297 elements
Group    14 (      non-Water) has  3163 elements
Group    15 (            Ion) has     5 elements
Group    16 ( Water_and_ions) has 33302 elements
Select a group: 1
Selected 1: 'Protein'
Last frame       5000 time 50000.000   

对单个原子的 RMSF 求平方平均就是残基的 RMSF?

WB1040720479 发表于 2022-2-17 15:21
请问单个原子的RMSF在VMD中如何计算呀？

同学麻烦请问您会单个原子的rmsf的怎么计算了吗

请问单个原子的RMSF在VMD中如何计算呀？

sobereva 发表于 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算

gmx这些分析工具确实方便

顺带一提对于gromacs用户，用gmx rmsf加上-res可以直接算