gromacs成品模拟时出现关于约束的警告，求助mdp文件参数设置

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发布时间: 2019-10-17 20:22

老师想请问一下，在用gromacs进行成品模拟的时候，服务器提出警告，让我修改mdp中的约束参数，不然体系无法进行计算，但是我不知道该如何修改，下面是我的mdp文件。

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小潘潘 发表于 Post on 2019-10-17 21:12:15

非常感谢老师的解答

sobereva 发表于 Post on 2019-10-17 20:54:56

constraints设hbonds
步长改成0.002（除非你用的粗粒化）

步长太长是导致警告的原因
步长应小于体系中振动频率最高的键的往复周期的10%

sobereva 发表于 Post on 2019-10-17 20:52:46

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“gromacs成品模拟mdp文件参数设置”改了，以后务必注意

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