关于jctc.9b00815一文的实现方法

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发布时间: 2019-10-20 04:03

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-10-20 04:05 编辑我看到jctc.9b00815一文中，作者使用一些flat well restraint让一个磷脂层分为左右两块，左边是DLPC右边是DPPC，作者用的是OpenMM，我很感兴趣在我自己的系统（grom ...

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wuzhiyi 发表于 Post on 2019-10-20 18:09:29

fhh2626 发表于 2019-10-20 17:23
你这样就是会很慢的，因为当cv里面包含的原子太多，计算cv就是很慢(colvars/plumed并没有GPU实现)

一般 ...

谢谢感觉哪怕是全CPU运行也不至于这么慢我看看gmx的写法吧

fhh2626 发表于 Post on 2019-10-20 17:23:29

你这样就是会很慢的，因为当cv里面包含的原子太多，计算cv就是很慢(colvars/plumed并没有GPU实现)

一般这种都需要用MD自身的接口实现，比如NAMD的tclBC或者OpenMM的python API，不清楚GMX有没有类似的接口

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