MD成品模拟遇到的问题

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发布时间: 2019-10-28 11:53

请问大家，我在用amber跑MD最后一步的成品模拟时，遇到了以下错误，请大家帮我看一下，是我的体系有什么问题吗？min，heat和proc的输入文件均采用amber官网的例子所使用的参数，后来我把heat部分时间延长了10倍还是 ...

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puzhongji 发表于 Post on 2019-10-28 20:04:00

提示切换到cpu，pmemd.MPI跑了。

abdoman 发表于 Post on 2019-10-28 17:06:28

abdoman 发表于 2019-10-28 17:05
heat这一步不要用pmemd.cuda，就用pmemd.mpi 就可以了。

需要等基本平衡后（密度），就可以用gpu来算prod了。

abdoman 发表于 Post on 2019-10-28 17:05:26

heat这一步不要用pmemd.cuda，就用pmemd.mpi 就可以了。

sobereva 发表于 Post on 2019-10-28 14:46:54

heat都不崩溃没有理由prod崩溃
确保prod的时候延续了heat最后一步的坐标和速度，并且prod和heat之间不是必须变化的参数不要进行修改

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