wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

您好！我参考了您那建议在top文件中加了这个命令，

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
4562  4576   6      2.536   1000.0
4514  4575   6      4.210   1000.0
随后又在mdp文件中加入了如下命令，
disre                    = Simple
; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal

disre-weighting          = Conservative
; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
disre-mixed               = no
disre-fc                     = 500
disre-tau                   = 0
; Output frequency for pair distances to energy file
nstdisreout               = 100
但是当我做了短时间模拟后发现，并未限制住两个原子间的距离，能否麻烦您帮忙看看，可能是哪里出了问题呢？

琦锅锅 发表于 2020-9-29 16:32
好的，非常感谢

楼主，请问现在是否解决了？我也按照这个方式，加上了限制但是MD的时候发现还是跑飞了

Jeffrey0521 发表于 2024-1-19 15:45
我想限制形成氢键的两个原子之间的距离也是这样设置吗？我在mdp里写入了力常数的，所以才问是写入的disre ...

那个功能就不是用来做这个的，直接在[ bonds ]里面加就好

喵星大佬 发表于 2024-1-19 03:45
普通情况不要用[ distance_restrains ]去设置距离限制，直接用[ bonds ]里面函数类型6或者10去做谐振/分 ...

我想限制形成氢键的两个原子之间的距离也是这样设置吗？我在mdp里写入了力常数的，所以才问是写入的disre还是dihre

Jeffrey0521 发表于 2024-1-18 15:02
新手求问，到底是disre还是dihre啊，我看手册都写的disre但是sob老师写的dihre。http://sobereva.com/10

普通情况不要用[ distance_restrains ]去设置距离限制，直接用[ bonds ]里面函数类型6或者10去做谐振/分段的距离限制势。[ distance_restrains ]里面的距离限制是用来精修NMR解的结构用的，距离限制用的是时间平均的形式满足NOE信号的距离-6次方的期望，力常数也要在mdp里专门设置，不是正常理解的那种距离限制的形式

至于本文楼主说的那个目的，应该用pull去实现

新手求问，到底是disre还是dihre啊，我看手册都写的disre但是sob老师写的dihre。http://sobereva.com/10

wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

好的，非常感谢

wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

嗯嗯，好的，谢谢

琦锅锅 发表于 2020-9-18 09:11
这种与【distance_restraints】效果是一样的么？ 请问bA      kA     bB      kB一般是填写什么信息

bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

wuzhiyi 发表于 2020-9-17 05:17
这样啊
[ system ]
; Name

这种与【distance_restraints】效果是一样的么？ 请问bA      kA     bB      kB一般是填写什么信息

琦锅锅 发表于 2020-9-15 21:31
这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常 ...

这样啊
[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
Ion_chain_A2        1
targetx             1
SOL             11990
SOL             11990

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2584  2088   6      2.536   1000.0
2584和2088换成gro文件里的id

wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2

这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常感谢

wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2

请问一下带有金属离子的蛋白可以用这样的方法进行限制，防止它MD时跑飞么？

写在这个后面
[ molecules ]
O              2
SOL    1302        

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2584  2088   6      2.536   1000.0
这样