gromacs的distance_reatraints只能对同一分子之内的两个原子使用吗？

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发布时间: 2019-11-17 14:46

是我不知道怎么写还是它确实不可以对不同分子之间的原子进行距离限制呢？

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fwan1006 发表于 Post on 2019-11-18 14:18:47

感谢各位前辈，应该是这一段的内容放错了，要放到system molecule 的最后面。
谢谢，目前还在跑还没出问题。

alystone 发表于 Post on 2019-11-18 12:50:24

fwan1006 发表于 2019-11-17 22:54
李老师你好！但是我怎么在手册里找不到[ intermolecular_interactions ]的相关内容/。

纠正你一下，社长姓卢。
另外你的问题可以在gromacs2016手册的p.123找到。

fwan1006 发表于 Post on 2019-11-17 22:54:08

sobereva 发表于 2019-11-17 14:54
这是对分子类型定义的，因此序号必须是moleculetype里的序号
不同moleculetype之间进行限制作用需要通过[ ...

李老师你好！但是我怎么在手册里找不到[ intermolecular_interactions ]的相关内容/。

sobereva 发表于 Post on 2019-11-17 14:54:55

这是对分子类型定义的，因此序号必须是moleculetype里的序号
不同moleculetype之间进行限制作用需要通过[ intermolecular_interactions ]定义，并且用全局序号

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