sobereva 发表于 2019-11-24 20:16
1 默认的isovalue体现在.vmd里。VMD里手动改就在graphics - representation界面里调
2 看填色等值面颜色 ...

了解！ 非常感谢。

Shaoqz 发表于 2019-11-24 11:59
谢谢解答！ 阅读了您链接中的文章，存在一些疑惑，希望进一步请教：
1.使用存储.cub文件与IGM_inter.vmd ...

1 默认的isovalue体现在.vmd里。VMD里手动改就在graphics - representation界面里调
2 看填色等值面颜色，下文有详细说明
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

IGM和NCI方法关系极为密切，建议把上面的NCI分析的博文也仔细看了，另有其它相关的：
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）
视频演示：使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024

sobereva 发表于 2019-11-24 02:55
对于表现二者之间的相互作用，用Multiwfn做IGM分析非常方便，速度快，效果颇好，物理意义清楚，已被大量文 ...

谢谢解答！ 阅读了您链接中的文章，存在一些疑惑，希望进一步请教：
1.使用存储.cub文件与IGM_inter.vmd脚本的方法在vmd内作图是该如何调整isovalue呢？
2.如何区分吸引和排斥作用呢？

对于表现二者之间的相互作用，用Multiwfn做IGM分析非常方便，速度快，效果颇好，物理意义清楚，已被大量文章使用，比取交集强得多。看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

Multiwfn的Hirshfeld surface分析功能也可以被用于展现两个基团间的接触面。