如果懒得重新处理轨迹的话，用dynamics bond方式显示连键（根据当前距离实时判断成键），而用vdW显示原子球

如果是动力学轨迹，可以通过相应轨迹处理工具，比如Amber的轨迹用cpptraj的autoimage，Gromacs用trjconv，挪动跑出周期的分子，再用VMD打开。