lammps进行nvt模拟结果诡异

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发布时间: 2019-12-2 19:14

如图，构建了一个固液体系进行模拟，力场参数和结构都是参照文献构建的，在模拟5ns后水分子跑出了盒子，想请教一下各位老师是哪儿出了问题。输入文件的参数如下： units &n ...

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Lacrimosa 发表于 Post on 2019-12-3 17:50:09

灰天皮匠发表于 2019-12-3 14:52
想请问下楼主为什么要用temp/rescale控温？之前看到有说这种控温方法不太好。

参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
灰天皮匠	+ 2	谢谢

灰天皮匠 发表于 Post on 2019-12-3 14:52:01

想请问下楼主为什么要用temp/rescale控温？之前看到有说这种控温方法不太好。

Lacrimosa 发表于 Post on 2019-12-3 12:55:55

fhh2626 发表于 2019-12-2 23:43
用dynamic bonds的显示方式，配合VDW

谢谢老师指导

fhh2626 发表于 Post on 2019-12-2 23:43:39

Lacrimosa 发表于 2019-12-2 23:03
非常感谢!，确实是显示的问题...还想请教您一下,使用pbc wrap之后键的连接会出问题,用vmd可以解决吗? 还 ...

用dynamic bonds的显示方式，配合VDW

Lacrimosa 发表于 Post on 2019-12-2 23:03:06

本帖最后由 Lacrimosa 于 2019-12-2 23:05 编辑

fhh2626 发表于 2019-12-2 19:27
只是显示的问题，不用担心，你可以试试用VMD 的pbc wrap命令（但不清楚是否能很好的支持lammps的轨迹文件） ...

非常感谢!，确实是显示的问题...还想请教您一下,使用pbc wrap之后键的连接会出问题,用vmd可以解决吗? 还是用gmx的trjconv指令来处理呢?

fhh2626 发表于 Post on 2019-12-2 19:27:19

只是显示的问题，不用担心，你可以试试用VMD 的pbc wrap命令（但不清楚是否能很好的支持lammps的轨迹文件），一般建议保存成DCD

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