Multiwfn可否针对Gromacs的结果进行IR、氢键可视化分析？

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发布时间: 2019-12-3 17:28

本帖最后由 lao7 于 2019-12-3 17:43 编辑用Gromacs运行了几十个肽和阴离子相互作用的动力学，两者通过氢键结合。想用Multiwfn分析其结果，遇到两个棘手问题：1、能否用Multiwfn统一分析体系内生成的氢键，进一 ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-12-5 12:46:16

lao7 发表于 2019-12-4 17:54
针对第三个问题的追问，你说的很对。
我记得第一届分子动力学培训，您说过这个内容（提到过最大的氢键分 ...

培训中，均相体系模拟、蛋白质的模拟、蛋白质-配体复合物的模拟、核酸的模拟中都用了gmx hbond命令，是专门分析氢键的。

lao7 发表于 Post on 2019-12-4 17:54:07

sobereva 发表于 2019-12-4 05:28
1、2 Multiwfn没有这种功能。分析氢键靠VMD灵活的tcl脚本和自带的氢键分析命令就可以实现

3 没有上下文 ...

针对第三个问题的追问，你说的很对。
我记得第一届分子动力学培训，您说过这个内容（提到过最大的氢键分析）？我自从参加过培训班，现在才开始用gromacs。忘完了！哪里有教学内容我参照一下这个图形的做法？谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2019-12-4 05:28:57

1、2 Multiwfn没有这种功能。分析氢键靠VMD灵活的tcl脚本和自带的氢键分析命令就可以实现

3 没有上下文没法说。貌似是对轨迹进行SASA和氢键分析，然后通过自己的程序整理成散点分布，然后再显示成密度图。

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