求助：gromacs的隐式溶剂模拟中Au原子参数缺失

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发布时间: 2019-12-9 11:08

用隐式溶剂模拟一个蛋白与AuNP体系时，出现如图Au原子参数缺失的错误，但是查文献也没找到相关参数，好几个文献里使用lammps做的隐式溶剂模拟，并没有表明需要什么参数，这样的体系是不是不可以用gmx做隐式溶剂模拟 ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-12-14 11:42:44

gmx自带的力场里本来就没有Au，显然更没有GB参数，没法在GB下跑。要想跑，除了添加Au的原子类型定义以外，还必须自己想办法在gbsa.itp或gb.itp里添加相应的参数（试图Google找）
通常这种问题也没有理由用GB

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