jitou11 发表于 2022-4-13 21:46 谢谢您的回复。我自己试出来了。把文件 “Draw_RDG_with_PyMOL.ini” 中的 isovalue=0.5 改为 isovalue=0.004。 |
jitou11 发表于 2021-3-5 20:25 您好，请问您是怎么操作的呢？我载入dg.cub, dg_intra.cub, dg_inter.cub 和 sl2r.cube, sl2r.structure.mol2后，没有出现等值面，只有一个结构。 |
jitou11 发表于 2021-3-5 20:25 自已定义恰当的染色坐标就可以了 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 5 | 谢谢 |
wuzhiyi 发表于 2020-2-26 18:46 好像删掉就可以正常运行了 |
|
请教一下老师 我在osx/py3下运行了这个脚本 但是显示 RDG_cube_object_name = proper_object_name(filename_class(RDG_cube).name_stem)[-20:] + "_RDG" NameError: name 'proper_object_name' is not defined 想问问proper_object_name是什么啊？ |
| 好物，谢谢分享！ |
| 更新了一个版本，新的文件夹下有一个Draw_RDG_with_PyMOL_MultipleCube.bat文件，可以通过它载入多个等值面文件，但都使用同一套着色cube。其目的是为了支持这一帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-16243-1-1.html。使用方法与上类似，一看就知道差别。 |
liyuanhe211 发表于 2020-1-2 18:59 谢谢老师我改天试试 |
Peter_zhong 发表于 2020-1-2 09:49 不是，其他系统理论上都可以，只是仅在Win10测试过。 |
| 老师好，您文中说：“本脚本只在Windows 10, PyMOL-2.3.4.121 x64 portable （及其自带的python 3.7）下测试通过”。这里明确了别的系统都不可以是吗？我笔记本、台式都是win7 |
|
好文，链接已加入下文，之后在Multiwfn培训班里也介绍一下 用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题 http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html） |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 1 | 谢谢! |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-23 20:54 , Processed in 0.177260 second(s), 27 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites