sobereva 发表于 2019-12-19 18:17 谢谢老师的指导，我明白您的意思了，我下来先思考一下自己EDA-FF分析的目的到底是什么，然后再作调整。 |
zhutuziqin 发表于 2019-12-17 10:37 抠出来重新对所有原子优化，结构相对于晶体状态可能会发生很大变化。如果你的目的是分析晶体状态中的单体间相互作用，就不能对所有原子重新优化。 EDA-FF里静电作用计算非常简单，就是中学学过的点电荷间作用的库仑公式。片段间总静电作用就是两个片段间每一对原子静电作用的加和，因此通过考察关键原子间的相互作用就能帮助你了解片段间相互作用的细节，这没有任何难理解的。 |
sobereva 发表于 2019-12-16 12:22 我扣出来的团簇结构有做全几何优化，拿优化后的结构直接做的EDA-FF分析。Sobereva老师您的意思是把抠出来的团簇结构，只对氢原子做限制性优化（优化方法我看了您的帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html），然后再做EDA-FF分析吗？ 您说的单独再考察两个片段间原子之间的静电相互作用，我下来之后再试一试，就是这方面理论知识太欠缺，深入一点的东西根本不知道该从哪儿下手该怎么解释，自己找了很多资料也没有什么可用有效的，老师您有推荐的学习资料吗？？ |
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不能抠出来团簇后就直接用，因为晶体是测不准氢的位置的，至少也得用半经验方法（能用DFT当然更好）把氢的位置重新优化后再去做这个分析。 情况2 当中Frag 1 -- Frag 7静电作用才那么小，这是最可疑的一项，应当仔细看这两个结构、考察两个片段间原子之间的静电相互作用，弄清楚到底是怎么回事。这个解决了，其它的应该也就自然解决了。 |
sobereva 发表于 2019-12-15 12:30 “研究对象”就是五钟不同的物质，情况1具体的研究对象是次黄嘌呤，情况2的研究对象是指嘌呤。每种研究对象只有一个唯一的构型（是从晶体结构里面抠取的，来自于您的帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-11390-1-1.html）。 |
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VMD里用30度阈值太严了。VMD的键角定义和一般氢键键角定义不同，平时说的30度在VMD里应当对应43度 “研究对象”指什么？7聚体的不同构型？那两个图是其中两种构型？ |
sobereva 发表于 2019-12-14 11:01 1.sobereva老师我更新了帖子插入了具体情况1,2的图片，麻烦您再看看具体的情况。 2.表1的数据是这样计算得来的：比如说表1的研究对象1的静电相互作用（-273.69KJ/mol）是将各片段间的静电相互作用加起来的（f1-f2+f1-f3+...+f6-f7）。 |
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注意恰当用逗号和句号。 1 没有你的体系具体结构说不清楚，也不清楚情况1和情况2到底对应什么情况。两个情况都给个复合物结构图，一看就清楚了 直接从结构上就能判断色散作用是否能起到重要作用 2 我不清楚你的表1是怎么算的 |
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