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求助，磷脂跑出盒子

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zxmxyh

发布时间: 2019-12-17 15:24

正文摘要:

本帖最后由 zxmxyh 于 2019-12-17 16:26 编辑用packmol准备了一个128个DOPC和1280个水的盒子，跑EM，再跑NPT，发现有些DOPC跑出盒子。应该是由于水层太薄，有没有办法限制下？如果用restraint，常数该怎么选呢？ ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-12-23 18:36:24

packmol很难产生质量足够好的膜的初始结构。建议用genmixmem
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

只要初始结构靠谱，磷脂拓扑信息合理，正常情况不会出现磷脂在垂直于膜方向过度位移的情况

倘若初期想在z方向加限制势，稍微加一点就可以，诸如100。

zxmxyh 发表于 Post on 2019-12-23 08:39:21

sobereva 发表于 2019-12-19 18:55
当前的模拟结果完全没法用，那么薄的水层，审稿人一看见就拒了

就是想模拟低湿度情况，所以选了1：10的水磷脂比例，薄也没办法了

sobereva 发表于 Post on 2019-12-19 18:55:36

当前的模拟结果完全没法用，那么薄的水层，审稿人一看见就拒了

zxmxyh 发表于 Post on 2019-12-17 20:00:57

自己用trjconv恢复了，看着还行，也不知道正确不正确

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