tanshy 发表于 2022-2-23 21:24
请问sob老师和楼主~我也出现同样的问题，但是我的in文件里&qmmm有指定qmcharge和spin。该怎么解决呢？用的 ...

您好，您的问题解决了嘛， 我也遇到了相同问题

请问sob老师和楼主~我也出现同样的问题，但是我的in文件里&qmmm有指定qmcharge和spin。该怎么解决呢？用的是amber20的sander，in文件如下：
Example QM/MM input for Sander - Gaussian interface
&cntrl
  imin=1, maxcyc=10,
  ntb=0,
  cut=20.,
  ifqnt=1
&end
&qmmm
  qmmask='@11-21'
  qmcharge=0,
  spin=1,
  qm_theory='EXTERN',
  qmcut=20.0
&end
&gau
  method = 'BLYP',
  basis = '6-31G**',
  charge = 0
&end


out文件末尾：
  3.1 QM CALCULATION INFO
--------------------------------------------------------------------------------

| Please also cite the following work for the use of the QM/MM interface:

| A. W. G"otz, M. A. Clark, R. C. Walker
| "An extensible interface for ab initio QM/MM molecular dynamics simulations
|  with AMBER"
| J. Comput. Chem. 35 (2014) 95-108.
| DOI: 10.1002/jcc.23444

Constants for unit conversion taken from
Mohr, Taylor, Newell, Rev. Mod. Phys. 80 (2008) 633-730
and using the thermochemical calorie (1 cal = 4.184 J):

A_TO_BOHRS  =  1.889726132873E+00
AU_TO_KCAL  =  6.2750946943E+02
AU_TO_DEBYE =  2.54174623E+00

  >>> Running calculations with Gaussian <<<

SANDER BOMB in subroutine get_namelist (qm2_extern_gau_module)
The charge and spin keywords are deprecated
Please specify charge (qmcharge) and spin multiplicity (spin) in the &qmmm namelist.

命令如下：
sander -O -i amber-g09-min.in -o amber-g09-min.out -c his.crd -p his.top -r amber-g09-min.rst

谢谢SOB老师指导。

hhhnano 发表于 2019-12-22 17:38
当前centos 系统可以启动g90:
[xzhfood@bogon ~]$ g09
Entering Gaussian System, Link 0=g09

提示都写了在&qmmm字段指定电荷和自旋，补上就完了
有问题首先想着看手册啊
很多教程要么不靠谱，要么跟当前版本的情况不对应

先确保当前机子里直接用g09命令能启动Gaussian