我是你的小宇宇 发表于 2020-1-3 21:34
你好，我是小白，刚刚开始做计算，这个结构我没有优化，我们组是做材料合成的，导师想让我做个简单计算下 ...

不要盲目效仿文章，那图里扫描COO根本没有任何意义

这么点体系居然用UFF扫描，只有缺乏基本计算化学常识的人才干得出来这样的事。光从这部分截图来看，明显是一篇水平很低的文章。而且这体系柔性键很少，做扫描完全毫无意义。

初始结构绝对不能用你图里那么烂的，明显COO的结构就严重不对，最起码先用半经验优化一下再说。从基本化学常识也知道COO明显是局部平面结构

羧酸根明显应当是平面的，你的初始结构太烂。旋转羧酸根根本没有必要。只旋转1-2就足矣保证能最终优化出能量最低结构

显然旋转1-2键会连带着使得另一头整个片段都旋转。