sobereva 发表于 2020-1-11 22:15
给你具体例子

嗯嗯好的，这样一条一条对比，我也知道表2的每个数据对应.itp的什么地方了。谢谢您！！

FMGwenyanhoon 发表于 2020-1-11 22:06
1. 好的谢谢您！！

2.  我又仔细看了看，那假如我模拟纯水体系，好比我现在已经有了水.itp，那成键项 ...

给你具体例子



opc.itp (1.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 220)

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我看不太懂你的问题。只要最终top里的所有include都展开后满足gmx要求便可。
用acpype时也不存在什么选择力场问题，只能用AMBER。因为AMBER、OPLS、CHARMM、GROMOS力场的[defaults]差异很大，力场文件里的记录规则也不同，非键参数难以调和

sobereva 发表于 2020-1-10 18:34
1 对

2 去看文章具体引的哪篇文献。没有特殊情况的话，GROMOS力场一律用最新版。

1. 好的谢谢您！！

2.  我又仔细看了看，那假如我模拟纯水体系，好比我现在已经有了水.itp，那成键项的atom,bonds那些信息我有了（ffbonded.itp我已经不需要了，信息已经在水.itp里面了），原子类型范德华参数写在ffnonbonded.itp里，然后我把水.itp的atomtpyes的LJ系数复制到ffnonbonded.itp里面，现在ffnonbonded真正用得上的也是我新复制过去的（相当于旧的ffnonbonded.itp也没用），那现在岂不是只有forcefield文件的14作用计算规则等选项是我可以选择的，相当于在模拟纯水的时候，我只需要把准备好水.itp和forcefield即可。假如我们默认模拟纯水只用OPC，那相当于可选择的选项只有forcefield一项，在amber，GROMOS，OPLA-AA，CHARMM选一个计算规则即可（GAFF最好选和其兼容的Amber），我理解的对吗？

3. 那我们把这个问题拓展一下，对于有机小分子，情况岂不是和水一样？假如我们用此帖子中的工具生成基于GAFF力场的有机小分子.itp文件（http://bbs.keinsci.com/thread-14040-1-1.html），然后成键项在itp里，非键项从itp里复制到ffnonbonded了。那情况是不是就又变成了只需要选择力场（LJ计算规则等）了？我理解的对吗？（这应该也是讲义里说.itp文件不是必须的的原因，那些信息有就行，不用重复写两遍）

FMGwenyanhoon 发表于 2020-1-10 14:18
明白了，您的意思就是：
1. 几点水模型就用相应的模板，只需要拓扑文件，结构文件不需要变动。比如OPC3 ...

1 对

2 去看文章具体引的哪篇文献。没有特殊情况的话，GROMOS力场一律用最新版。
讲义上用不同力场是作为例子，让学员知道怎么用不同力场。如果没有特殊情况，小分子体系我一律用GAFF，产生拓扑文件省事，原子类型命名清楚，原子电荷有标准方法得到（Multiwfn算RESP电荷），而且有兼容的其它力场。

sobereva 发表于 2020-1-10 04:23
1 照常用tip4p.gro通过gmx solvate填充水，不用做特殊考虑

2 对于目前最新的AMBER19SB，对于模拟蛋白质 ...

明白了，您的意思就是：
1. 几点水模型就用相应的模板，只需要拓扑文件，结构文件不需要变动。比如OPC3，那就用OPC3的itp文件+spc216.gro+sovlate填充，OPC就用tip4p.gro+OPC.itp+solvate填充；我理解的没问题吧？

2. 我还想问问您，如果就知道模拟小分子体系应该选用什么力场呢？电解质溶液选用KBFF，那非电解质比如水-醇 或者多组分有机小分子的气液界面该如何选择呢？因为不同文章力场选择不一样，有的2016年的文章只写自己用的力场是GROMOS96，具体什么版本也不写。我看您讲义有的时候用amber99sb-ildn，有的时候用54a7_atb，是这些力场都能用，没有特别讲究的意思吗？

1 照常用tip4p.gro通过gmx solvate填充水，不用做特殊考虑

2 对于目前最新的AMBER19SB，对于模拟蛋白质来说，根据文中的测试用OPC结果会比用其它的更好。但对于其它力场模拟蛋白质，并非水模型本身越好结果就越好，还有误差抵消问题。
如果是模拟小分子溶液，水模型对结果影响较显著，鼓励用OPC。

3 此时不应当用DisCorr = EnerPres。也没必要用DisCorr = EnerPres。不要太教条