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求助:调用高斯的freqchk计算吉布斯自由能修正问题

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发布时间: 2020-1-13 20:15

正文摘要:

各位老师们好!我使用gaussian 16在linux环境下调用freqchk工具计算ZPE,ΔH和熵校正因子下吉布斯自由能的修正值。按照“谈谈谐振频率校正因子”一文所述,“用Gaussian自带的freqchk工具,它会从chk文件中读取储存 ...

回复 Reply

snljty 发表于 Post on 2020-1-14 10:17:45
BTW,freqchk的输入文件不需要一定是chk,可以是fch/fchk。如果你的chk没别的用又太占地方完全可以算完了转化完了后删了。
Villars 发表于 Post on 2020-1-13 23:40:54
sobereva 发表于 2020-1-13 23:01
常识:上传较大文本型文件前必须先压缩,否则严重浪费服务器空间,而且下载缓慢。这在首页公告栏写明了
之 ...

原来是这样,多谢社长指正,我一定吸取教训,下次传文件之前务必压缩,并且绝不传没有用的文件。
sobereva 发表于 Post on 2020-1-13 23:01:29
常识:上传较大文本型文件前必须先压缩,否则严重浪费服务器空间,而且下载缓慢。这在首页公告栏写明了
之所以论坛给out/log文件尺寸设了严格上限,就为了避免有人不压缩就上传巨大文本型文件
因为如上面的回复所示,上传chk文件没实际意义,还占了将近10MB,所以附件给你删了





Villars 发表于 Post on 2020-1-13 22:52:38
zjxitcc 发表于 2020-1-13 22:45
(1)传chk文件毫无意义,不知道你是什么平台下算的,根本无法转化为fchk文件;
(2)你贴出的log文件截 ...

老师我是在Linux下计算的,out文件确实是整个文件,因为有上传上限,所以没能传上来。应该是中途挂掉了,我再重算一遍吧,谢谢老师
zjxitcc 发表于 Post on 2020-1-13 22:45:46
Villars 发表于 2020-1-13 21:53
感谢老师的回复。老师我真的做了freq的计算,并且确实没有提取出社长说的那4个参数。下面是我的输入文件 ...

(1)传chk文件毫无意义,不知道你是什么平台下算的,根本无法转化为fchk文件;
(2)你贴出的log文件截图看不出啥来,如果这是你整个log文件,说明你任务根本没算完,最后连Normal Termination都没有,中途挂掉了。
zjxitcc 发表于 Post on 2020-1-13 21:41:50
Villars 发表于 2020-1-13 21:31
感谢您的回复,请问老师“No force constants found in file" 这种情况可能是由于什么原因造成的?我之前 ...

这都是很基本的翻译题。原因是你没做freq计算,chk文件里没有力常数,算不了频率。
Villars 发表于 Post on 2020-1-13 21:31:31
liyuanhe211 发表于 2020-1-13 21:24
有了2L的教训,还不仔细看输出?“No force constants found in file.”

感谢您的回复,请问老师“No force constants found in file" 这种情况可能是由于什么原因造成的?我之前使用的是B3LYP/6-31G(d)进行的计算,然后查表找到校正因子代入希望求得校正值
liyuanhe211 发表于 Post on 2020-1-13 21:24:06
Villars 发表于 2020-1-13 21:17
老师,您好!刚才我又尝试做了一下,这次虽然运行了,可是不知道为什么没有找到社长提到的
“Zero-poin ...

有了2L的教训,还不仔细看输出?“No force constants found in file.”
Villars 发表于 Post on 2020-1-13 21:17:52
zjxitcc 发表于 2020-1-13 20:25
初中英语翻译题“Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this ste ...

老师,您好!刚才我又尝试做了一下,这次虽然运行了,可是不知道为什么没有找到社长提到的
“Zero-point correction= A
Thermal correction to Energy= B
Thermal correction to Enthalpy= C   注意这一项不是ΔH,而是ZPE+ΔH
Thermal correction to Gibbs Free Energy= D” 这四个变量,我的操作流程是下面的过程,请问一下您知道是哪里出了问题吗?万分感谢

$ freqchk
Checkpoint file? IBU_add_c12_OH.chk
Write Hyperchem files? n
Temperature (K)? [0=>298.15] 0
Pressure (Atm)? [0=>1 atm] 0
Scale factor for frequencies during thermochemistry? [0=>1/1.12] 0.9813
Do you want to use the default isotope masses? [Y]:
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                     Coordinates (Angstroms)
Number     Number                        X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8                    3.234774    2.023719    0.900236
      2          8                    3.022392    1.784882   -1.329738
      3          6                   -3.993852    0.396089   -0.174678
      4          6                   -3.162437   -0.676194    0.587012
      5          6                   -1.657027   -0.562699    0.458681
      6          6                    1.170265   -0.317553    0.201492
      7          6                    2.689196   -0.166662    0.096069
      8          6                   -3.743812    1.818132    0.345418
      9          6                   -3.792896    0.319497   -1.694351
     10          6                   -0.959628   -1.245077   -0.542723
     11          6                   -0.905970    0.235226    1.341999
     12          6                    0.431813   -1.134958   -0.673501
     13          6                    0.474742    0.357099    1.216314
     14          6                    3.361388   -1.071444   -0.941934
     15          6                    2.998017    1.295326   -0.223396
     16          1                   -5.045124    0.148069    0.033733
     17          1                   -3.477848   -1.664479    0.227995
     18          1                   -3.437736   -0.628655    1.649122
     19          1                    3.106993   -0.386166    1.084390
     20          1                   -2.713116    2.139106    0.155427
     21          1                   -3.925775    1.889188    1.424949
     22          1                   -4.409805    2.533127   -0.151688
     23          1                   -4.452316    1.028631   -2.208287
     24          1                   -2.761360    0.562432   -1.974141
     25          1                   -4.018176   -0.682867   -2.078876
     26          1                   -1.501058   -1.887844   -1.232437
     27          1                   -1.414119    0.760658    2.147117
     28          1                    0.927730   -1.657546   -1.482020
     29          1                    1.024571    0.975428    1.920918
     30          1                    3.128490   -2.119092   -0.735948
     31          1                    3.034896   -0.816300   -1.953930
     32          1                    4.448532   -0.946920   -0.900612
     33          1                    3.384554    2.940568    0.598065
     34          8                    1.276006   -3.136606    0.728178
     35          1                    0.376499   -3.044002    1.108411
---------------------------------------------------------------------
Atom     1 has atomic number   8 and mass  15.99491
Atom     2 has atomic number   8 and mass  15.99491
Atom     3 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom     4 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom     5 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom     6 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom     7 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom     8 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom     9 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    10 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    11 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    12 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    13 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    14 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    15 has atomic number   6 and mass  12.00000
Atom    16 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    17 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    18 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    19 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    20 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    21 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    22 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    23 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    24 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    25 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    26 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    27 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    28 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    29 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    30 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    31 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    32 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    33 has atomic number   1 and mass   1.00783
Atom    34 has atomic number   8 and mass  15.99491
Atom    35 has atomic number   1 and mass   1.00783
Project out gradient direction? [N]
Stoichiometry    C13H19O3(2)
Framework group  C1[X(C13H19O3)]
Deg. of freedom    99
Full point group                 C1      NOp   1
No force constants found in file.
Rotational constants (GHZ):           0.7896840           0.2823381           0.2466834
Villars 发表于 Post on 2020-1-13 20:37:58
zjxitcc 发表于 2020-1-13 20:25
初中英语翻译题“Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this ste ...

感谢老师的解答,终于解决了,谢谢老师!
zjxitcc 发表于 Post on 2020-1-13 20:25:09
初中英语翻译题“Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.”
在高斯环境变量里加上export GAUSS_MEMDEF=4GB,退出重登,再操作。

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