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VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0

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发布时间: 2020-1-13 21:51

正文摘要:

本帖最后由 wypkdhd 于 2023-4-26 22:47 编辑 2020.2.16更新关于各种报错,内存溢出报错(任务跑了一段时间自动停止)等一些列有关mpi不兼容的问题。更新提任务后后台任务stopped的问题。 2020.4.26针对目前的 ...

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wypkdhd 发表于 Post on 2025-12-31 20:45:30
GauCPGro 发表于 2025-8-11 15:57
您好,soft-hpc的链接过期了,我加群问了没有要到,方便再分享一个吗?谢谢

链接:https://pan.baidu.com/s/1JktrSUr5GBzXfbj7bdAKAw?pwd=hfdf --复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦
wypkdhd 发表于 Post on 2025-12-31 20:44:59
杨穹宇 发表于 2025-10-21 17:01
你好,我安装了vasp6.3.2,使用mpi 2019遇到了内存溢出问题。我看贴子发现mpi2015可解决vasp5.xx的在类似 ...

链接:https://pan.baidu.com/s/1JktrSUr5GBzXfbj7bdAKAw?pwd=hfdf --复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦
杨穹宇 发表于 Post on 2025-10-21 17:01:54

你好,我安装了vasp6.3.2,使用mpi 2019遇到了内存溢出问题。我看贴子发现mpi2015可解决vasp5.xx的在类似问题,但mpi2015的分享链接失效了,能重新分享吗?
如有打扰,万分抱歉。
多谢。
wypkdhd 发表于 Post on 2025-8-22 09:14:02
由于本人已经毕业多年,资料已经丢失,帖子中涉及的soft-hpc已经丢失,请各位见谅。时至今日,帖子中诸多内容已经过时,请各位自行搜索vasp6以上版本,搭配oneapi使用。
wypkdhd 发表于 Post on 2025-8-21 23:30:36
GauCPGro 发表于 2025-8-11 15:57
您好,soft-hpc的链接过期了,我加群问了没有要到,方便再分享一个吗?谢谢

我记得你,等我明天翻翻笔记本,可能会有的。
GauCPGro 发表于 Post on 2025-8-11 15:57:01
您好,soft-hpc的链接过期了,我加群问了没有要到,方便再分享一个吗?谢谢
L4tte 发表于 Post on 2025-2-7 12:06:00
后来发现直接提交VASP的任务不会报错,前面的报错对应的任务是运行了遗传算法,算法中间会调用VASP计算,但是看报错信息,应该是算法还没开始就报错了
L4tte 发表于 Post on 2025-2-6 20:49:59
本帖最后由 L4tte 于 2025-2-6 20:53 编辑

网上有些是说mpd未启动,在slurm脚本上加上mpd命令之后err.log的报错更诡异了


/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd:1049: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\['
  cmd = "/usr/bin/cpuset -q " + cpuset + " -Q | grep ' CPU\[' | wc -l"
  File "/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd", line 1813
    logFileFD = os.open(self.logFilename,os.O_CREAT|os.O_WRONLY|os.O_EXCL,0600)
                                                                          ^
SyntaxError: leading zeros in decimal integer literals are not permitted; use an 0o prefix for octal integers
/bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory


L4tte 发表于 Post on 2025-2-6 20:48:25
楼主你好,我在运行非root的步骤之后,在集群上提交slurm脚本,遇到了报错,似乎是无法与节点连接?)

----------out.log 内容:

y01是节点名字    kxz是我的用户名

mpiexec_y01(): cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_kxz); possible causes:
  1. no mpd is running on this host
  2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)

----------err.log 内容:
/bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory

请问是发生了什么。。。。。
zzaa 发表于 Post on 2024-12-23 21:04:46
wypkdhd 发表于 2023-9-19 20:22
你可以输入 which mpiexec 和which ifort 看返回值,如果都没有。那说明你没加载环境, 看我帖子两行命令 ...

你好,感谢大佬的解答,想问下,安装这个库,命令行就可以操作,还是需要桌面选择啊,我们自己的服务器不在身边,是通过远程连接的,我想如果没有必要,我就不到机器旁边了
wypkdhd 发表于 Post on 2024-11-4 10:43:47
后到咸阳斯蒂庞 发表于 2024-10-31 20:49
楼主您好,我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题,,在mpi安装过程当中并无报错,5.4.4版本可以正 ...

兄弟,我记得vasp6对mpi版本有最低要求。。。不行您老老实实用oneapi吧,那个一点问题没有,用oneapi2023年版本即可。

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后到咸阳斯蒂庞 + 5 按照楼主的方法已经成功解决了,在此感谢!

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后到咸阳斯蒂庞 发表于 Post on 2024-10-31 20:49:14
本帖最后由 后到咸阳斯蒂庞 于 2024-11-1 14:29 编辑

楼主您好,我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题,,在mpi安装过程当中并无报错,5.4.4版本可以正常运行,但当运行vasp.6.3.2时会出现:vasp_cellopt: symbol lookup error: vasp_cellopt: undefined symbol: mpi_f08_compile_constants_mp_mpi_info_null_的报错。想请教一下各位这个问题该如何解决。
wypkdhd 发表于 Post on 2024-10-22 11:15:37
Qingming 发表于 2024-9-29 18:27
老师您好,我先前用的oneapi编译的vasp,现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while  ...

输入which mpiexec 显示啥?我这边已经毕业,有情况首页有群,群里艾特。
Qingming 发表于 Post on 2024-9-29 18:27:08
老师您好,我先前用的oneapi编译的vasp,现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory。请问是怎么回事,应该怎么解决啊?谢谢老师
Wuwei 发表于 Post on 2024-6-1 19:45:02
本帖最后由 Wuwei 于 2024-6-11 23:05 编辑

【已经解决,仅供参考】
在安装intel mpi 2015的时候,出现下边的情况
Please type the full path to the installation:/opt/intel

Select the target software(s) which you will install
1.intel-2015.2.164
2.intelmpi-5.0.2.044
3.ALL
Enter your selection:2
[ww] Info: Installing IntelMPI (with intel), please wait a minute ...
Intel does not installed, please install Intel Compiler firstly!
有大佬知道这是啥情况吗?

以下步骤可能有无效的内容,仅供参考
通过重装之后能够找到编译器
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install --reinstall libc6 libc6-dev

~/.bashrc中加入以下环境配置
    source /opt/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/env/vars.sh
    source ~/.bashrc
删除/opt/intel/mpi/下之前关于intelmpi-5.0.2.004的文件夹(我的主机中,该目录下只有一个文件夹)
重新运行./hpcsoft




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