您好,soft-hpc的链接过期了,我加群问了没有要到,方便再分享一个吗?谢谢 |
后来发现直接提交VASP的任务不会报错,前面的报错对应的任务是运行了遗传算法,算法中间会调用VASP计算,但是看报错信息,应该是算法还没开始就报错了 |
本帖最后由 L4tte 于 2025-2-6 20:53 编辑 网上有些是说mpd未启动,在slurm脚本上加上mpd命令之后err.log的报错更诡异了 /home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd:1049: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\[' cmd = "/usr/bin/cpuset -q " + cpuset + " -Q | grep ' CPU\[' | wc -l" File "/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd", line 1813 logFileFD = os.open(self.logFilename,os.O_CREAT|os.O_WRONLY|os.O_EXCL,0600) ^ SyntaxError: leading zeros in decimal integer literals are not permitted; use an 0o prefix for octal integers /bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory |
楼主你好,我在运行非root的步骤之后,在集群上提交slurm脚本,遇到了报错,似乎是无法与节点连接?) ----------out.log 内容: y01是节点名字 kxz是我的用户名 mpiexec_y01(): cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_kxz); possible causes: 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option) ----------err.log 内容: /bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory 请问是发生了什么。。。。。 |
wypkdhd 发表于 2023-9-19 20:22 你好,感谢大佬的解答,想问下,安装这个库,命令行就可以操作,还是需要桌面选择啊,我们自己的服务器不在身边,是通过远程连接的,我想如果没有必要,我就不到机器旁边了 |
后到咸阳斯蒂庞 发表于 2024-10-31 20:49 兄弟,我记得vasp6对mpi版本有最低要求。。。不行您老老实实用oneapi吧,那个一点问题没有,用oneapi2023年版本即可。 |
参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | 按照楼主的方法已经成功解决了,在此感谢! |
本帖最后由 后到咸阳斯蒂庞 于 2024-11-1 14:29 编辑 楼主您好,我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题,,在mpi安装过程当中并无报错,5.4.4版本可以正常运行,但当运行vasp.6.3.2时会出现:vasp_cellopt: symbol lookup error: vasp_cellopt: undefined symbol: mpi_f08_compile_constants_mp_mpi_info_null_的报错。想请教一下各位这个问题该如何解决。 |
Qingming 发表于 2024-9-29 18:27 输入which mpiexec 显示啥?我这边已经毕业,有情况首页有群,群里艾特。 |
老师您好,我先前用的oneapi编译的vasp,现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory。请问是怎么回事,应该怎么解决啊?谢谢老师 |
本帖最后由 Wuwei 于 2024-6-11 23:05 编辑 【已经解决,仅供参考】 在安装intel mpi 2015的时候,出现下边的情况 Please type the full path to the installation:/opt/intel Select the target software(s) which you will install 1.intel-2015.2.164 2.intelmpi-5.0.2.044 3.ALL Enter your selection:2 [ww] Info: Installing IntelMPI (with intel), please wait a minute ... Intel does not installed, please install Intel Compiler firstly! 有大佬知道这是啥情况吗? 以下步骤可能有无效的内容,仅供参考 ![]() 通过重装之后能够找到编译器 sudo apt-get update sudo apt-get install --reinstall libc6 libc6-dev ~/.bashrc中加入以下环境配置 source /opt/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/env/vars.sh source ~/.bashrc 删除/opt/intel/mpi/下之前关于intelmpi-5.0.2.004的文件夹(我的主机中,该目录下只有一个文件夹) 重新运行./hpcsoft |
本帖最后由 Wuwei 于 2024-5-30 21:26 编辑 _Fun 发表于 2024-5-20 15:15 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 23583&fromuid=49424看下这个? 我遇到相同的问题,通过3楼的回答解决了 |
老师你好,在编译vasp5.4.4的时候出现了如下错误: make[3]: Entering directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib' fpp -f_com=no -free -w0 preclib.F preclib.f90 make[3]: fpp: Command not found make[3]: *** [preclib.f90] Error 127 make[3]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib' make[2]: *** [all] Error 2 make[2]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib' make[1]: *** [lib] Error 2 make[1]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std' make: *** [std] Error 2 还请老师指导下 处理器AMD,centos7系统,编译器Intel Parallel Studio XE 2019 |
qzm 发表于 2024-4-6 12:10 不过cp2k可以参考论坛内刘锦程老师的帖子,甚至cp2k官网给的都很详细。 |
qzm 发表于 2024-4-6 12:10 我已毕业。 |
老师,按照您这个教程,我已经完美编译vasp了,非常感谢,请问出个编译安装CP2K的教程吗 |
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