谢谢，我刚学MD，还不熟悉，在网上搜索了一下，用：
lsort -integer -uniq [$BP_residues get resid]
重复去掉了

30 31 32 33 34 76 100 101 102 103 105 124 125 128 133 137 142 143 146 159 163 187 188 191 220 247

我一般用get serial 获取原子编号，然后用原子编号定义QM区域

首先，你的MD轨迹没去周期性边界条件，你的水盒子是散的，先用cpptraj处理一下再保存结构。
你选择的时候 and表示逻辑与 ，表示和用or。
你的结构中，距离HL6 5 埃之内确实没有水，最近的水分子也在6埃