批量转化二维分子结构到量化输入文件

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发布时间: 2020-1-18 11:18

本帖最后由 exity 于 2021-2-2 11:53 编辑有的同学可能没有正版的chemoffice套件，又因为洁癖等原因不愿意安装DAO版，那么Chemsketch软件有免费版，可以生成cdx文件，理论上应该可以在这里替代chemoffice。--24/ ...

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Novice 发表于 Post on 2023-6-2 17:59:30

本帖最后由 Novice 于 2023-6-2 18:02 编辑

charles_young 发表于 2023-6-1 21:07
请教下怎么检查呢，关键词比较容易看出来，结构怎么确认呢？

确认结构合理与否没有好的办法，只能手动用可视化软件一个个检查了。

charles_young 发表于 Post on 2023-6-1 21:07:38

Novice 发表于 2020-1-19 10:43
友情提示，即使使用Chem3D转存一下可能也会出现分子结构键连出问题的现象，建议存完后确认一下。

请教下怎么检查呢，关键词比较容易看出来，结构怎么确认呢？

函数与激情 发表于 Post on 2020-1-30 21:18:39

liuyuje714 发表于 2020-1-30 21:17
改后缀。比如1.gjf变为1.chk

十分感谢！

liuyuje714 发表于 Post on 2020-1-30 21:17:22

函数与激情发表于 2020-1-30 21:14
请教一下楼主脚本中${i//gjf/chk}这里是什么含义呢？

改后缀。比如1.gjf变为1.chk

函数与激情 发表于 Post on 2020-1-30 21:14:17

请教一下楼主脚本中${i//gjf/chk}这里是什么含义呢？

阿甘 发表于 Post on 2020-1-19 20:37:27

granvia 发表于 2020-1-19 12:35
Best 还是 Breadth ?

granvia 发表于 Post on 2020-1-19 12:35:59

阿甘发表于 2020-1-19 00:04
这个问题还可以利用内坐标来造这个结构，其中蒽环就相当于一个framework，让位置对应到1-10，取代基对应到 ...

Best 还是 Breadth ?

Novice 发表于 Post on 2020-1-19 10:43:34

友情提示，即使使用Chem3D转存一下可能也会出现分子结构键连出问题的现象，建议存完后确认一下。

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
exity	+ 1	确实！还是应该把生成的gjf手动检查一遍！

阿甘 发表于 Post on 2020-1-19 00:04:01

本帖最后由阿甘于 2020-1-19 00:07 编辑

这个问题还可以利用内坐标来造这个结构，其中蒽环就相当于一个framework，让位置对应到1-10，取代基对应到不同的整数，编个程序写内坐标一劳永逸~~

顺便推荐一下杨伟涛老师的Best-First-Search算法~~~

exity 发表于 Post on 2020-1-18 13:10:45

granvia 发表于 2020-1-18 12:02
要是机器学习手写结构式转为gjf文件就牛p了

这牵涉到图形识别了，期待有高人出现造福大家

granvia 发表于 Post on 2020-1-18 12:02:14

要是机器学习手写结构式转为gjf文件就牛p了

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