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计算过渡态用IRC验证不符合预期

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发布时间: 2020-1-25 21:14

正文摘要:

本帖最后由 Machaophy 于 2020-1-25 21:16 编辑 乙醇形成H3O+离子过渡态寻找 目前遇到的问题: 利用IRC验证后得到的生成物与期待的极为相似,差一个OH键的形成,H原子与O原子的距离也很进了,但就是不成键... ...

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Machaophy 发表于 Post on 2020-1-26 20:07:42
sobereva 发表于 2020-1-26 18:53
博文里写了gview是怎么判断的
根本别管gview的判断就完了

好的,谢谢老师!!
sobereva 发表于 Post on 2020-1-26 18:53:56
Machaophy 发表于 2020-1-26 12:56
谢谢Sob老师
图2的结构就是maxstep=5优化后得到的结果

博文里写了gview是怎么判断的
根本别管gview的判断就完了
Machaophy 发表于 Post on 2020-1-26 12:56:28
sobereva 发表于 2020-1-25 23:31
“不成键”纯粹是gview的判断问题,看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://b ...

谢谢Sob老师
图2的结构就是maxstep=5优化后得到的结果

我看到您的博文中写道: 如果gjf里面用geom=connectivity定义了原子间连接关系,则会根据连接关系显示成键。否则自动判断成键
那么 添加和删除 起初的键联关系与关键词geom=connectivity是否会对GV最后得到的结构成键与否产生影响呢?
sobereva 发表于 Post on 2020-1-25 23:31:24
“不成键”纯粹是gview的判断问题,看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

如果你的图2那个结构就是你期望的生成物的基本模样,优化之后变成了3,这是很正常的,本身图3的结构就显得明显比图2更稳定。

对图2进行优化的时候把优化步长上限设小,比如maxstep=5,再看能优化出什么。如果还是得到图3,说明实际中出现孤立的H3O+可能需要考虑动态效应、需要做AIMD才能直接体现出来。而对于你当前的情况,实际上IRC一端能跑出图2那种结构,而且受力已经非常小了,就已经足够说明实际中能出现H3O+了。

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