请教：蛋白拉伸过程中自由能的问题

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发布时间: 2020-1-29 13:24

本帖最后由 wzhang 于 2020-1-29 13:26 编辑大家好，我最近刚刚开始学习做蛋白拉伸然后计算PMF的模拟，有一个疑问想请教大家。根据蛋白folding/unfolding的理论，如Bell's Model在蛋白unfolding过程中自由能随 ...

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fhh2626 发表于 Post on 2020-1-30 23:49:17

wzhang 发表于 2020-1-30 15:09
随end-to-end distance上升，确实自由能总体趋势会越高。但比如图片的一些实验中可得到自由能曲线中间是 ...

如果是大蛋白的话中间肯定会存在局部稳定结构

你给的这个例子中间并没有局部稳定结构，要看的是0pN那根线

wzhang 发表于 Post on 2020-1-30 19:25:13

顺便再请教一下，研究蛋白的unfolding机制一般都计算哪些指标的？我看有些文章就是简单统计了氢键、alpha-helix数目变化，有些文章计算RMSD，RMSF，native contacts（虽然现在还不是很懂这个概念）等。

fhh2626 发表于 Post on 2020-1-29 23:59:13

虽然不一定是单调上升，但显然随end-to-end distance上升，自由能总体趋势会变得越来越高，直链多肽是很不利的构象啊

wuzhiyi 发表于 Post on 2020-1-29 18:32:45

据我所知现在还没有一个力场可以同时准确描述folded和unfolded蛋白

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