ptttt88454 发表于 2024-12-15 21:34 构象选用问题参考下文文末的讨论，对RESP还是RESP2(0.5)都一样 RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html） |
| sob老师您好，我是一个新手，我现在做的是蛋白质和配体的MD。我是通过分子对接的方式得到了复合物的结构后再去做MD的，此时我选择了结合能最低的复合物构象。我想问的是此时用RESP2计算配体的原子电荷时，需要用RESP2.sh对配体进行结构优化吗，还是用RESP2_noopt.sh？谢谢老师 |
sobereva 发表于 2024-5-21 01:02 好的懂了，谢谢sob老师 |
raymond 发表于 2024-5-20 23:58 用混合溶剂 定义方式看下文 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 此时应当手动用量化程序结合Multiwfn计算RESP2电荷，不适合用我的脚本 |
raymond 发表于 2024-5-20 23:55 Shell脚本显然不可能直接在Windows下运行，看下文了解点基本常识 详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html） 对于Windows用户，要么vmware虚拟机里的linux客户机里运行，要么WSL里运行（我不推荐） |
| sob老师您好，我想请问一下我的分子如果是在乙醇和水的混合溶液里面反应的话，这个时候计算我的分子RESP2原子电荷应该在什么溶剂模型条件下去计算单点能？ |
tsyjcyh 发表于 2022-6-9 09:36 请问你是在Windows下使用Linux虚拟机运行这个脚本吗？我使用Windows怎么没有办法运行RESP.sh和RESP2.sh脚本？ |
Seyilaxa 发表于 2024-2-5 13:51 硫酸根那几个氧原子应当带上弥散 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 5 | 谢谢老师！ |
| 老师好，我在模拟硫酸化修饰的蛋白时，模仿http://sobereva.com/441中的计算ACE-ASP-NME的做法计算了B3LYP-D3/6-311G**水平下被修饰残基的RESP电荷，然后再进一步求得RESP2电荷。最终模拟出的结果没有观察到明显的不合理性，但是由于硫酸根带有明显的负电荷，是否应该加上弥散函数重新计算。 |
ZhangChuanzheng 发表于 2023-12-7 11:23 这类体系建议用CP2K算REPEAT电荷，参考下文 使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html） 此外，在北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里有完整算REPEAT电荷的例子 |
| 老师，您好，我想问一下，基团修饰的周期性表面计算电荷也可以使用这种方式吗？ |
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好的，谢谢老师 |
xjw 发表于 2023-11-2 22:17 建议如此 |
sobereva 发表于 2023-10-17 21:09 老师，这个话的意思是如果是阴离子，那第一步的结构优化就直接考虑实际溶剂环境嘛？然后再分别计算气相的单点能和实际溶剂下的单点能嘛？ |
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