不同坐标的自由能计算问题

查看数: 9665 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2020-2-3 15:47

请问像这种以Rg，Q，RMSF为坐标的自由能是怎么计算得到的（需要用其他插件吗）？有没有什么教程，能大概讲解一下吗？

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-2-4 04:21:35

先照常跑动力学轨迹，把每一帧的Rg、Q值算出来，构成散点数据，然后转换成概率分布，作图即可。

很多步骤和下文的做法类似。
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

fhh2626 发表于 Post on 2020-2-3 16:12:38

一般来说需要配合自由能计算插件Plumed (GMX, OpenMM, etc) 或者Colvars (NAMD, LAMMPS) 计算

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register