“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办，这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会！请点击此链接查看详情和报名方式，欢迎参加！

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会！报名正在进行中，请点击此链接查看详情，欢迎参加！

捐赠本论坛 (Donate this site)

开启辅助访问

计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 不同坐标的自由能计算问题

不同坐标的自由能计算问题

查看数: 9712 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2020-2-3 15:47

正文摘要:

请问像这种以Rg，Q，RMSF为坐标的自由能是怎么计算得到的（需要用其他插件吗）？有没有什么教程，能大概讲解一下吗？

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-2-4 04:21:35

先照常跑动力学轨迹，把每一帧的Rg、Q值算出来，构成散点数据，然后转换成概率分布，作图即可。

很多步骤和下文的做法类似。
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

fhh2626 发表于 Post on 2020-2-3 16:12:38

一般来说需要配合自由能计算插件Plumed (GMX, OpenMM, etc) 或者Colvars (NAMD, LAMMPS) 计算

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-17 21:08 , Processed in 0.681472 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list